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- PDB-2dyp: Crystal Structure of LILRB2(LIR2/ILT4/CD85d) complexed with HLA-G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dyp
タイトルCrystal Structure of LILRB2(LIR2/ILT4/CD85d) complexed with HLA-G
要素
  • 9 Mer Peptide From Histone H2A.x
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
  • Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin-like (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell costimulation / peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway ...negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell costimulation / peripheral B cell tolerance induction / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / MHC class Ib protein binding / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell tolerance induction / protein phosphatase 1 binding / XY body / negative regulation of G0 to G1 transition / negative regulation of immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of dendritic cell differentiation / filopodium membrane / positive regulation of natural killer cell cytokine production / regulation of long-term synaptic potentiation / cis-Golgi network membrane / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of protein metabolic process / response to ionizing radiation / protein homotrimerization / site of DNA damage / tertiary granule membrane / negative regulation of calcium ion transport / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / cellular defense response / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / positive regulation of protein dephosphorylation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of T cell proliferation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Inhibition of DNA recombination at telomere / positive regulation of DNA repair / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / positive regulation of interleukin-12 production / cell adhesion molecule binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / negative regulation of angiogenesis / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / DNA複製 / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / meiotic cell cycle / PRC2 methylates histones and DNA / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / condensed nuclear chromosome / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / male germ cell nucleus / negative regulation of receptor binding / Defective pyroptosis / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / RNA Polymerase I Promoter Escape / Endosomal/Vacuolar pathway / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Transcriptional regulation by small RNAs / double-strand break repair via homologous recombination / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / cellular response to gamma radiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / negative regulation of forebrain neuron differentiation / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / ER to Golgi transport vesicle membrane / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A ...免疫グロブリンフォールド / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Histone-fold / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2AX / HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G / Β2-ミクログロブリン / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shiroishi, M. / Kuroki, K. / Rasubala, L. / Kohda, D. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural basis for recognition of the nonclassical MHC molecule HLA-G by the leukocyte Ig-like receptor B2 (LILRB2/LIR2/ILT4/CD85d)
著者: Shiroishi, M. / Kuroki, K. / Rasubala, L. / Tsumoto, K. / Kumagai, I. / Kurimoto, E. / Kato, K. / Kohda, D. / Maenaka, K.
履歴
登録2006年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
B: Beta-2-microglobulin
C: 9 Mer Peptide From Histone H2A.x
D: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9424
ポリマ－66,9424
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.400, 81.400, 186.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The interaction between HLA-G (the molecule composed of chain A/B/C) and LILRB2 (chain D) is a biological unit.

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G / HLA G antigen


分子量: 32017.492 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in data base 25-300 / 変異: C42S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P17693
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in data base 24-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9 Mer Peptide From Histone H2A.x


分子量: 1148.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This peptide was chemically synthesized / 参照: UniProt: P16104
#4: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / LIR-2 / Immunoglobulin- like transcript 4 / ILT-4 / ...Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / LIR-2 / Immunoglobulin- like transcript 4 / ILT-4 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 10 / MIR-10 / CD85d antigen


分子量: 21896.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8N423
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.0, 45% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 25468 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 56.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D31, 2GW5

2d31

2gw5


解像度: 2.5→46.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1719921.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1825 7.2 %Random
Rwork0.233 ---
obs-25424 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1963 Å2 / ksol: 0.342353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.72 Å29.54 Å20 Å2
2--7.72 Å20 Å2
3----15.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4610 0 0 86 4696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 303 7.3 %
Rwork0.287 3844 -
obs-645 99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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