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- PDB-5knm: Human leukocyte antigen F (HLA-F) presents peptides and regulates... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5knm | ||||||
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Title | Human leukocyte antigen F (HLA-F) presents peptides and regulates immunity through interactions with NK-cell receptors | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / MHC-Ib / IMMUNE SYSTEM / PEPTIDE BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of natural killer cell degranulation / positive regulation of natural killer cell degranulation / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway ...negative regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of natural killer cell degranulation / positive regulation of natural killer cell degranulation / HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of T cell cytokine production / TAP1 binding / TAP2 binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / MHC class I receptor activity / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of alpha-beta T cell activation / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of serotonin secretion / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / dendritic cell differentiation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / MHC class I protein binding / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell cycle / T cell proliferation involved in immune response / beta-2-microglobulin binding / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / 14-3-3 protein binding / SH2 domain binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / response to virus / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / receptor internalization / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / cytokine-mediated signaling pathway / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dulberger, C.L. / Adams, E.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Human Leukocyte Antigen F Presents Peptides and Regulates Immunity through Interactions with NK Cell Receptors. Authors: Dulberger, C.L. / McMurtrey, C.P. / Holzemer, A. / Neu, K.E. / Liu, V. / Steinbach, A.M. / Garcia-Beltran, W.F. / Sulak, M. / Jabri, B. / Lynch, V.J. / Altfeld, M. / Hildebrand, W.H. / Adams, E.J. | ||||||
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5iueC ![]() 1psaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32769.074 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 22-305 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 20060.281 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP rrsidues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 29467.047 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 24-221 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#4: Protein/peptide | Mass: 844.977 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 67.59 % / Description: hexagonal plates |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 27% PEG 550 MME .1 M Tris-HCl 300 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03318 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.304→49.406 Å / Num. obs: 17859 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 9.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1413 / Net I/σ(I): 1.57 |
Reflection shell | Resolution: 3.304→3.422 Å / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.136 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / CC1/2: 0.801 / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1PSA Resolution: 3.3→49.41 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 39.49 / Stereochemistry target values: ML
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.3→49.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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