PDB-1zv4: Structure of the Regulator of G-Protein Signaling 17 (RGSZ2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zv4

タイトル

Structure of the Regulator of G-Protein Signaling 17 (RGSZ2)

要素

Regulator of G-protein signaling 17

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Human RGSZ2 / Human RGS17(Z2) / regulator of G-protein signaling / mu-opioid receptor interacting protein / GTPase-activating proteins (GAP) / Regulator of Gz-selective protein signaling 2 /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of signal transduction / response to amphetamine /

GTPase activator activity / G alpha (z) signalling events / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway /

GTPase activity /

シナプス ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Schoch, G.A. / Jansson, A. / Elkins, J.M. / Haroniti, A. / Niesen, F.H. / Bunkoczi, G. / Lee, W.H. / Turnbull, A.P. / Yang, X. / Sundstrom, M. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural diversity in the RGS domain and its interaction with heterotrimeric G protein alpha-subunits.
著者: Soundararajan, M. / Willard, F.S. / Kimple, A.J. / Turnbull, A.P. / Ball, L.J. / Schoch, G.A. / Gileadi, C. / Fedorov, O.Y. / Dowler, E.F. / Higman, V.A. / Hutsell, S.Q. / Sundstrom, M. / ...

履歴

登録	2005年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zv4.cif.gz	40.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zv4.ent.gz	27.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zv4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zv4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zv4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a72C 2af0C 2bt2C 2bv1C 2es0C 2gtpC 2i59C 2ihbC 2ihdC 2ik8C 2jm5C 2jnuC 2odeC 2owiC 1cmzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bv1-2 1jbb-1 2o8i-d 6ilu-2 6ltz-d 4zdt-1 4iim-d 1mij-d 1a90-d 5c13-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

X: Regulator of G-protein signaling 17

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.153, 105.153, 57.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Regulator of G-protein signaling 17 / RGS17 分子量: 18727.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS17 / プラスミド: pLIC-SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q9UGC6
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: mPEG2K, Na succinate, Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→52.56 Å / Num. all: 7748 / Num. obs: 7589 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 71.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1082 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CMZ

1cmz

解像度: 2.4→35.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 17.958 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26204	349	4.6 %	RANDOM
R_work	0.22777	-	-	-
all	0.22935	-	-	-
obs	0.22935	7229	97.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.85 Å²	-1.43 Å²	0 Å²
2-	-	-2.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1064	0	0	8	1072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.187	1.944	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.441	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.229	24.118	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.51	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.797	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	233
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.131	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.434	1.5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.072	1.5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.692	2	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.029	3	437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.64	4.5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	28	-
R_work	0.277	515	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1685	-2.0276	-2.1138	6.2426	0.7036	10.25	-0.6971	-0.5222	-0.9415	0.4139	0.4455	-0.2212	1.4424	0.3256	0.2516	-0.1725	0.0698	0.1618	0.3462	0.0453	0.0897	48.4658	5.3007	-7.2187
2	11.9112	-1.7568	-2.3381	3.3895	-0.7215	5.9635	-0.303	-0.7832	-0.368	0.4076	0.1197	0.2486	-0.1497	-0.0503	0.1833	-0.2684	-0.0108	0.0712	-0.1387	-0.1004	-0.2233	30.0316	16.7308	-4.1054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	66 - 80	18 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	192 - 204	144 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	2	X	A	81 - 191	33 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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