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- PDB-5c13: Crystal Structure of TAF3 PHD finger bound to histone H3C4me3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c13
タイトルCrystal Structure of TAF3 PHD finger bound to histone H3C4me3 peptide
要素
  • H3 peptide
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 3
キーワードHYDROLASE / zinc finger protein
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of protein location in nucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance ...maintenance of protein location in nucleus / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription regulator inhibitor activity / Chromatin modifying enzymes / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / male germ cell nucleus / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / mRNA transcription by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / p53 binding / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / nuclear membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...Bromodomain associated / Bromodomain transcription factors and PHD domain containing proteins / Bromodomain associated domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Li, H. / Huang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
ational Natural Science Foundation of China31270763 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of Jarid1a PHD finger bound to histone H3C4me3 peptide
著者: Huang, J. / Li, H.
履歴
登録2015年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn_detector / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
P: H3 peptide
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
D: H3 peptide
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
F: H3 peptide
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
H: H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,67416
ポリマ－34,1518
非ポリマー5238
水1,40578
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
P: H3 peptide
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
F: H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3378
ポリマ－17,0764
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
D: H3 peptide
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 3
H: H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3378
ポリマ－17,0764
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.212, 50.105, 85.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Transcription initiation factor TFIID subunit 3 / 140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription ...140 kDa TATA box-binding protein-associated factor / TBP-associated factor 3 / Transcription initiation factor TFIID 140 kDa subunit / TAFII140


分子量: 7347.350 Da / 分子数: 4 / 断片: PHD finger domain, UNP residues 853-915 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF3 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5VWG9
#2: タンパク質・ペプチド
H3 peptide


分子量: 1190.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: chemically synthesized H3 peptide 1-10 with K4Cme3 modification
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.03M magnesium chloride, 0.03M calcium chloride, 0.1M MES, 0.1M imidazole, PH6.5, 15% PEGMME 550, 15% PEG 20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15064 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 2.097 / Net I/av σ(I): 17.129 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 54999
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.143.70.6697461.542100
2.14-2.183.70.5587771.672100
2.18-2.223.70.5527131.607100
2.22-2.263.70.4387641.65899.9
2.26-2.313.70.4237641.66499.9
2.31-2.373.70.3987291.66100
2.37-2.423.70.3367411.84599.7
2.42-2.493.70.2947591.68499.7
2.49-2.563.70.3127381.83599.9
2.56-2.653.70.2657711.79499.9
2.65-2.743.70.2217621.97999.9
2.74-2.853.70.2017242.051100
2.85-2.983.70.1617592.07299.6
2.98-3.143.70.1327652.29499.9
3.14-3.333.60.1157532.46499.6
3.33-3.593.60.0897382.64599.6
3.59-3.953.30.0847463.34997.3
3.95-4.523.50.0587702.81499.6
4.52-5.73.50.0497602.61999.3
5.7-503.50.0547853.02898.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.101→32.62 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2796 760 5.07 %Random selection
Rwork0.2217 14241 --
obs0.2248 15001 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.34 Å2 / Biso mean: 37.3714 Å2 / Biso min: 13.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→32.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 8 78 2194
Biso mean--25.83 37.7 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5572984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.894796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1014-2.26370.33211200.24482845296598
2.2637-2.49140.28131570.24392830298799
2.4914-2.85170.30211570.236728292986100
2.8517-3.59210.2831560.21952869302599
3.5921-32.62380.25861700.20492868303898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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