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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xcc | ||||||
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タイトル | 1-Cys peroxidoxin from Plasmodium Yoelli | ||||||
要素 | 1-Cys peroxiredoxin | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Vedadi, M. / Sharma, S. / Houston, S. / Lew, J. / Wasney, G. / Amani, M. / Xu, X. / Bray, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. ...Vedadi, M. / Sharma, S. / Houston, S. / Lew, J. / Wasney, G. / Amani, M. / Xu, X. / Bray, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Hui, R. / Bochkarev, A. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007 タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms. 著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xcc.cif.gz | 185.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xcc.ent.gz | 151.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/1xcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/1xcc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1txjC 1y6zC 1z6gC 1z7dC 1z81C 1zo2C 2a22C 2a4aC 2aifC 2amxC 2aqwC 2av4C 2awpC 2ayvC 2b71C 2bddC 2f4zC 2fdsC 2ffcC 2fo3C 2fu0C 2ghiC 2h1rC 2h2yC 2h66C 2hjrC 2hteC 2hvgC 3pggC 3tb2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25328.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium yoelii (ヨーエリマラリア原虫) 解説: pET15-TEV is a modification of pET15B (Novagen) with thrombin site replaced with TEV site. 遺伝子: PY04285 / プラスミド: pET15-TEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86SB3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 5.5 詳細: 22% Peg 3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M Lithium Sulfate, 5% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97939, 0.97952, 0.96415 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: APS 17ID / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 53397 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 24 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.038 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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