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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rz7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANTI-HIV-1 GP120-REACTIVE ANTIBODY 48D | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / HIV-1 / gp120 (Gp120 (HIV)) / CD4i / antibodies (抗体) / tyrosine sulfation / VH-gene usage | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, C.C. / Venturi, M. / Majeed, S. / Moore, M.J. / Phogat, S. / Zhang, M.-Y. / Dimitrov, D.S. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Sodroski, J. ...Huang, C.C. / Venturi, M. / Majeed, S. / Moore, M.J. / Phogat, S. / Zhang, M.-Y. / Dimitrov, D.S. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Choe, H. / Farzan, M. / Kwong, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004 タイトル: Structural basis of tyrosine sulfation and VH-gene usage in antibodies that recognize the HIV type 1 coreceptor-binding site on gp120 著者: Huang, C.C. / Venturi, M. / Majeed, S. / Moore, M.J. / Phogat, S. / Zhang, M.-Y. / Dimitrov, D.S. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Choe, H. / Farzan, M. / Kwong, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rz7.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rz7.ent.gz | 75.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rz7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23092.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Lymphocryptovirus Cell (発現宿主): IMMORTALIZED B-CELL CLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER 発現宿主: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23386.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属 (発現宿主): Lymphocryptovirus Cell (発現宿主): IMMORTALIZED B-CELL CLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER 発現宿主: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 8.3% PEG4000, 8.3% isopropanol, 0.33M NaCl, 0.04M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月15日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagitally focused second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 32647 / Num. obs: 32647 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rsym value: 0.254 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 230911 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1DFB 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1431950.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.6623 Å2 / ksol: 0.409012 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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