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万見
- PDB-1rxd: Crystal structure of human protein tyrosine phosphatase 4A1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rxd
タイトルCrystal structure of human protein tyrosine phosphatase 4A1
要素protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / NYSGXRC / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle / エンドソーム / positive regulation of cell migration / 細胞周期 / 小胞体 ...protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / spindle / エンドソーム / positive regulation of cell migration / 細胞周期 / 小胞体 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. ...Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein tyrosine phosphatase type IVA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sun, J.P. / Fedorov, A.A. / Almo, S.C. / Zhang, Z.Y. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2007
タイトル: Structural genomics of protein phosphatases.
著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月20日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1
B: protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1
C: protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2843
ポリマ－55,2843
非ポリマー00
水4,792266
1
A: protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4281
ポリマ－18,4281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4281
ポリマ－18,4281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4281
ポリマ－18,4281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.291, 105.568, 179.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assemply is a monomer

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要素

#1: タンパク質 protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1; Protein tyrosine phosphatase IVA1


分子量: 18427.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93096
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.216 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97911, 0.97934, 0.97166
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.979341
30.971661
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 48954 / Num. obs: 48954 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 72.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 4919 9.2 %
Rwork0.223 --
all0.226 48954 -
obs0.226 48954 91.3 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.8521 Å2 / ksol: 0.358711 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.238 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3646 0 0 266 3912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.372.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 310 5.9 %
Rwork0.353 2760 -
obs-3070 68.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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