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- PDB-1k2d: Crystal structure of the autoimmune MHC class II I-Au complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k2d
タイトルCrystal structure of the autoimmune MHC class II I-Au complexed with myelin basic protein 1-11 at 2.2A
要素
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain
  • Myelin Basic Protein peptide with 8 residue linker peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / MHC class II (MHCクラスII分子) / I-Au / H-2u / autoimmune disease / unique register / experimental autoimmune encephalomyelitis / myelin basic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / compact myelin / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / antigen processing and presentation of peptide antigen / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / membrane organization / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production ...structural constituent of myelin sheath / positive regulation of metalloendopeptidase activity / compact myelin / internode region of axon / axon ensheathment / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / antigen processing and presentation of peptide antigen / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / membrane organization / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of T cell differentiation / maintenance of blood-brain barrier / antigen processing and presentation / negative regulation of T cell proliferation / substantia nigra development / 髄鞘 / エンドソーム / central nervous system development / cell periphery / sensory perception of sound / response to toxic substance / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of interleukin-6 production / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 髄鞘 / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / chemical synaptic transmission / protease binding / 獲得免疫系 / リソソーム / エンドソーム / calmodulin binding / 免疫応答 / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / neuronal cell body / lipid binding / シナプス / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / 細胞膜 / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain ...Myelin basic protein / Myelin basic protein / Myelin basic protein signature. / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Myelin basic protein / H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者He, X.L. / Radu, C. / Ward, E.S. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: IMMUNITY / 年: 2002
タイトル: Structural snapshot of aberrant antigen presentation linked to autoimmunity: the immunodominant epitope of MBP complexed with I-Au
著者: He, X.L. / Radu, C. / Sidney, J. / Sette, A. / Ward, E.S. / Garcia, K.C.
履歴
登録2001年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年12月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE C-terminus of the MBP PEPTIDE IS LINKED TO A SYNTHETIC LINKER PEPTIDE, AND ARE Listed ...SEQUENCE THE C-terminus of the MBP PEPTIDE IS LINKED TO A SYNTHETIC LINKER PEPTIDE, AND ARE Listed in the seqres as CHAIN ID P. THE C-terminus of the LINKER PEPTIDE IS LINKED TO THE N-terminus of the BETA CHAIN. THE LINKER PEPTIDE WAS NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
B: H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain
P: Myelin Basic Protein peptide with 8 residue linker peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9476
ポリマ－46,2833
非ポリマー6643
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.150, 110.590, 94.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain / MHC CLASS II I-AU


分子量: 21468.809 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR ALPHA-1 AND ALPHA-2 DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P14438
#2: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain / MHC CLASS II I-AU


分子量: 22495.164 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR BETA-1 AND BETA-2 DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P06344
#3: タンパク質・ペプチド Myelin Basic Protein peptide with 8 residue linker peptide / MBP peptide


分子量: 2319.395 Da / 分子数: 1 / 断片: 11 residue peptide with 8 residue linker peptide / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the MBP portion of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: GenBank: 14763906, UniProt: P02686*PLUS
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MPEG 5000, sodium chloride, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
pH: 4.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG50001reservoir
250 mMammonium sulfide1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 26280 / Num. obs: 26280 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3825 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 144694 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IAKJ

解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1268 4.8 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.249 26276 --
obs0.249 26276 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.585 Å20 Å20 Å2
2--1.876 Å2-4.462 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3105 0 42 450 3597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 188 -
Rwork0.323 --
obs-3244 98.5 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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