+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ati | |||||||||
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Title | HLA-DRB1*1402 in complex with Vimentin-64Cit59-71 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HLA Class II | |||||||||
Function / homology | Function and homology information keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / structural constituent of eye lens ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / structural constituent of eye lens / MHC class II receptor activity / astrocyte development / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / : / Striated Muscle Contraction / SMAD protein signal transduction / intermediate filament / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / microtubule organizing center / transport vesicle membrane / polysaccharide binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / MHC class II antigen presentation / T cell receptor binding / trans-Golgi network membrane / positive regulation of translation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Late endosomal microautophagy / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / nuclear matrix / Aggrephagy / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peroxisome / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to type II interferon / Chaperone Mediated Autophagy / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / double-stranded RNA binding / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / lysosome / molecular adaptor activity / cytoskeleton / endosome membrane / immune response / ribonucleoprotein complex / lysosomal membrane / axon / protein domain specific binding / Golgi membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | |||||||||
Authors | Scally, S.W. / Ting, Y.T. / Rossjohn, J. | |||||||||
Citation | Journal: Ann. Rheum. Dis. / Year: 2017 Title: Molecular basis for increased susceptibility of Indigenous North Americans to seropositive rheumatoid arthritis. Authors: Scally, S.W. / Law, S.C. / Ting, Y.T. / Heemst, J.V. / Sokolove, J. / Deutsch, A.J. / Bridie Clemens, E. / Moustakas, A.K. / Papadopoulos, G.K. / Woude, D.V. / Smolik, I. / Hitchon, C.A. / ...Authors: Scally, S.W. / Law, S.C. / Ting, Y.T. / Heemst, J.V. / Sokolove, J. / Deutsch, A.J. / Bridie Clemens, E. / Moustakas, A.K. / Papadopoulos, G.K. / Woude, D.V. / Smolik, I. / Hitchon, C.A. / Robinson, D.B. / Ferucci, E.D. / Bernstein, C.N. / Meng, X. / Anaparti, V. / Huizinga, T. / Kedzierska, K. / Reid, H.H. / Raychaudhuri, S. / Toes, R.E. / Rossjohn, J. / El-Gabalawy, H. / Thomas, R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ati.cif.gz | 345.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ati.ent.gz | 279.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ati.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/6ati ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/6ati | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6atfC 6atzC 4mcyS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21919.594 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 26-206 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DRA, HLA-DRA1 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P01903 #2: Protein | Mass: 23072.367 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 30-219 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: HLA-DRB1 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A0A1I7H6 #3: Protein/peptide | Mass: 1438.634 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P08670*PLUS #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 Details: 26% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→33.629 Å / Num. obs: 63444 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 9.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.09 Å / Redundancy: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 9163 / Rpim(I) all: 0.195 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MCY Resolution: 1.98→33.629 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→33.629 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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