[日本語] English
万見
- PDB-3wex: Crystal structure of HLA-DP5 in complex with Cry j 1-derived pept... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wex
タイトルCrystal structure of HLA-DP5 in complex with Cry j 1-derived peptide (residues 214-222)
要素(MHC class II antigen) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Fold / Antigen Presentation / T Cell Receptor / Cell Surface
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II antigen / HLA class II histocompatibility antigen DP alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the specific recognition of the major antigenic peptide from the Japanese cedar pollen allergen Cry j 1 by HLA-DP5
著者: Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Satta, Y. / Ohsawa, N. / Uchikubo-Kamo, T. / Wakiyama, M. / Ikeda, M. / Terada, T. / Yamamoto, K. / Nishimura, Y. / Shirouzu, M. / Sasazuki, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class II antigen
B: MHC class II antigen
C: MHC class II antigen
D: MHC class II antigen
E: MHC class II antigen
F: MHC class II antigen
G: MHC class II antigen
H: MHC class II antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,82412
ポリマ－189,9398
非ポリマー8854
水4,810267
1
A: MHC class II antigen
B: MHC class II antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7063
ポリマ－47,4852
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
2
C: MHC class II antigen
D: MHC class II antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7063
ポリマ－47,4852
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
3
E: MHC class II antigen
F: MHC class II antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7063
ポリマ－47,4852
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
4
G: MHC class II antigen
H: MHC class II antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7063
ポリマ－47,4852
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.150, 64.370, 130.360
Angle α, β, γ (deg.)92.99, 97.53, 109.41
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
MHC class II antigen / HLA-DP5 alpha chain


分子量: 22230.660 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain, UNP residues 32-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: baculovirus
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: I2G9G1
#2: タンパク質
MHC class II antigen / HLA-DP5 beta chain


分子量: 25254.139 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain, UNP residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: baculovirus
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: I2FL84
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 24% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→64.28 Å / Num. obs: 70445 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.06 Å2 / Rsym value: 0.201 / Net I/σ(I): 12.31
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.572.7195.4
2.57-2.814.33195.3
2.81-3.147.58198
3.14-3.6313.18198.7
3.63-4.4420.16199
4.44-6.2622.63199.2
6.26-64.324.37199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LQZ

3lqz


解像度: 2.4→64.279 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8152 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 3520 5 %random
Rwork0.2016 ---
obs0.2034 70389 97.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.32 Å2 / Biso mean: 29.2 Å2 / Biso min: 8.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→64.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12372 0 56 267 12695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07117396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5164664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.43290.32791400.2862650279095
2.4329-2.46770.32661370.29432607274496
2.4677-2.50450.31851380.27772618275695
2.5045-2.54370.28151380.27982621275995
2.5437-2.58540.35531360.27092576271294
2.5854-2.630.28981360.27192598273495
2.63-2.67780.33531380.27132639277794
2.6778-2.72930.29731360.25622573270996
2.7293-2.7850.30141430.24362724286796
2.785-2.84560.2741390.22292629276897
2.8456-2.91170.23421410.21612695283697
2.9117-2.98460.26111400.2132645278598
2.9846-3.06530.26841440.21292736288098
3.0653-3.15550.25531400.20652675281598
3.1555-3.25730.23831440.2012721286599
3.2573-3.37370.22311430.19612713285698
3.3737-3.50880.21461410.17612697283899
3.5088-3.66850.21231430.18182706284999
3.6685-3.86180.19241440.17492740288499
3.8618-4.10380.2031440.17422730287499
4.1038-4.42050.16971420.15782701284399
4.4205-4.86530.17331440.15082735287999
4.8653-5.56890.21831440.16822739288399
5.5689-7.01490.22381430.208327082851100
7.0149-64.30190.24771420.19262693283598

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る