+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h1v | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | gelsolin G4-G6/actin complex | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | ACTIN-BINDING / SEVERING / CAPPING / CALCIUM (カルシウム) / AMYLOID (アミロイド) / MUSCLE CONTRACTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Striated Muscle Contraction / ダイナクチン / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation ...Striated Muscle Contraction / ダイナクチン / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / actin cap / sequestering of actin monomers / regulation of podosome assembly / myosin II binding / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / podosome / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / relaxation of cardiac muscle / cytoskeletal motor activator activity / phagocytosis, engulfment / cortical actin cytoskeleton / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / hepatocyte apoptotic process / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / cilium assembly / actin monomer binding / 筋形質 / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / skeletal muscle fiber development / phagocytic vesicle / stress fiber / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / filopodium / central nervous system development / actin filament organization / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein destabilization / cellular response to type II interferon / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / マイクロフィラメント / lamellipodium / cell body / actin binding / blood microparticle / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / hydrolase activity / Amyloid fiber formation / protein domain specific binding / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Choe, H. / Burtnick, L.D. / Mejillano, M. / Yin, H.L. / Robinson, R.C. / Choe, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: The Calcium Activation of Gelsolin:Insights from the 3A Structure of the G4-G6/Actin Complex 著者: Choe, H. / Burtnick, L.D. / Mejillano, M. / Yin, H.L. / Robinson, R.C. / Choe, S. #1: ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: Domain Movement in Gelsolin: A Calcium-Activated Switch 著者: Choe, H. / Burtnick, L.D. / Mejillano, M. / Yin, H.L. / Robinson, R.C. / Choe, S. | |||||||||
履歴 |
| |||||||||
Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h1v.cif.gz | 161.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1h1v.ent.gz | 123.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1v | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1db0 S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE COMPLEX IS A HETERODIMER WITH ONE MOLECULE OF ACTINAND ONE MOLECULE OF GELSOLIN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41862.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P02568, UniProt: P68135*PLUS | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 36407.551 Da / 分子数: 1 / Fragment: G4-G6, RESIDUES 412-742 OF CYTOPLASMIC ISOFORM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06396 | ||||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | GELSOLIN: CALCIUM-REGULATED, ACTIN-MODULATING PROTEIN THAT BINDS TO ACTIN MONOMERS OR FILAMENTS AT ...GELSOLIN: CALCIUM-REGULATED, ACTIN-MODULATING | 配列の詳細 | SWISSPROT HAS MERGED THE SEQUENCE OF RABBIT, HUMAN PIG, RAT AND MOUSE ACTIN AND GIVEN THE SWISSPROT ID P02568. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100MM HEPES BUFFER, PH 7.5, 20% GLYCEROL, 10 % PEG 8000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Robinson, R.C., (1999) Science, 286, 1939. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.07 |
検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 20076 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 1DB0 1db0 解像度: 2.99→19.73 Å / SU B: 24.358 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.173 Å2
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.99→19.73 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.994 Å / 最低解像度: 3.07 Å / Rfactor Rfree: 0.414 / % reflection Rfree: 65 % / Rfactor Rwork: 0.295 / Num. reflection Rwork: 1141 / Total num. of bins used: 20 |