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- PDB-5y6k: Human serum trnasferrin bound to a fluorescent probe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y6k
タイトルHuman serum trnasferrin bound to a fluorescent probe
要素Serotransferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / fluorescent / probe / transferrin
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation / Iron uptake and transport ...iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation / Iron uptake and transport / cellular response to iron ion / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ferrous iron binding / iron ion transport / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / regulation of protein stability / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / antibacterial humoral response / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Platelet degranulation / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / vesicle / secretory granule lumen / transmembrane transporter binding / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin ...Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8R6 / : / MALONATE ION / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Jiang, N. / Cheng, T. / Wang, M. / Chan, G.C.F. / Jin, L. / Li, H. / Sun, H.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Research Grants Council17304614P 香港
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2018
タイトル: Tracking iron-associated proteomes in pathogens by a fluorescence approach.
著者: Jiang, N. / Cheng, T. / Wang, M. / Chan, G.C. / Jin, L. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5196
ポリマ－75,2991
非ポリマー1,2215
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area28470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)138.012, 155.752, 107.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serotransferrin / Transferrin / Beta-1 metal-binding globulin / Siderophilin


分子量: 75298.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02787
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-8R6 / (2S)-6-[2-(7-azido-4-methyl-2-oxidanylidene-chromen-3-yl)ethanoylamino]-2-[bis(2-hydroxy-2-oxoethyl)amino]hexanoic acid / N6-[(7-アジド-4-メチル-2-オキソ-2H-1-ベンゾピラン-3-イル)アセチル]-N<(以下略)


分子量: 503.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N5O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.95 % / 解説: Pale-red crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PIPES-Na 0.1M pH 6.6, disodium malonate 8mM, PEG 3350 17%, glycerol 18%
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen flow
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.93001 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→103.29 Å / Num. obs: 27148 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.958.10.79426960.9050.2960.8480.871100
2.95-3.078.10.55626840.9380.2070.5930.871100
3.07-3.218.20.35226710.9690.1310.3760.914100
3.21-3.388.20.22527060.9830.0840.240.969100
3.38-3.598.10.16226880.9880.060.1731.131100
3.59-3.8780.10426990.9940.0390.1111.10799.9
3.87-4.267.90.06427180.9970.0240.0680.914100
4.26-4.877.80.04327270.9970.0160.0460.7499.9
4.87-6.148.20.0427580.9970.0150.0420.757100
6.14-103.297.60.02928010.9960.0110.0310.77397.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X1B

4x1b


解像度: 2.86→103.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 25.784 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.308
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1283 4.8 %RANDOM
Rwork0.1537 ---
obs0.1576 25317 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 235.3 Å2 / Biso mean: 63.835 Å2 / Biso min: 21.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.82 Å2-0 Å2-
2--1.84 Å2-0 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→103.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4997 0 77 1 5075
Biso mean--92.66 43.36 -
残基数----649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.9717033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.019310904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64324.425226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.34315862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9591525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.85135158
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded62.93155031
LS精密化 シェル解像度: 2.856→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 73 -
Rwork0.192 1490 -
all-1563 -
obs--78.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07470.04250.07580.0620.03430.07990.0029-0.01930.00780.001-0.01220.00690.0024-0.01190.00920.15380.00080.00170.073-0.00230.023815.179113.5798-10.9654
20.0065-0.028-0.01450.1370.06750.04960.00490.006-0.00480.00050.00160.027-0.0008-0.0121-0.00660.1496-0.00250.00540.07310.0050.038214.037118.64118.7161
30.27860.11330.06230.04990.0320.0289-0.0064-0.0121-0.0170.01660.0054-0.00380.04280.00260.00110.1340.01730.00850.05520.00690.016940.106434.51231.2717
40.10880.08910.02960.07530.02120.01330.00510.00420.01790.0033-0.00880.01460.00320.01330.00360.14250.00050.00140.07050.00310.025535.490955.6132-14.6733
50.30960.03020.18110.17990.00860.10740.00910.00040.00470.0098-0.01160.01090.0134-0.00370.00240.13310.00940.00020.06540.00020.000733.65740.90633.1849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 92
2X-RAY DIFFRACTION1A247 - 331
3X-RAY DIFFRACTION2A93 - 246
4X-RAY DIFFRACTION3A339 - 425
5X-RAY DIFFRACTION4A426 - 583
6X-RAY DIFFRACTION5A584 - 679

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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