PDB-5e3i: Crystal Structure of a Histidyl-tRNA synthetase from Acinetobacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e3i

タイトル

Crystal Structure of a Histidyl-tRNA synthetase from Acinetobacter baumannii with bound L-Histidine and ATP

要素

Histidine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / histidyl-tRNA synthetase / Acinetobacter baumannii / ATP binding / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Histidyl-tRNA synthetase from Acinetobacter baumannii with bound L-Histidine and ATP
著者: SSGCID / Lukacs, C.M. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e3i.cif.gz	333.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e3i.ent.gz	267.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e3i_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e3i_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5e3i_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	5e3i_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/5e3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/5e3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kmmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hwe-d 1rue-d 1tme-d 2ztg-d 2hwb-d 7bzn-d 6z6w-d 5j71-1 5zfq-d 1h1v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.00063.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (6) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine--tRNA ligase

B: Histidine--tRNA ligase

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.810, 103.070, 246.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Histidine--tRNA ligase / Histidyl-tRNA synthetase 分子量: 49470.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: hisS, ABUW_3376, IOMTU433_3293, RU84_15845 / プラスミド: AcbaC.00063.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A086HW61, UniProt: B0VKR7*PLUS, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / 3-アゾニアヒスチジンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: AcbaC.00063.a.B1.PW37682 at 19.5 mg/ml incubated with 3 mM L-Histidine, ATP, and MgCl2, then then mixed 1:1 with MCSG1(e3): 50mM MgCl2, 0.1M Hepes, pH=7.5, 30% PEG-MME550, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月21日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 57675 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 15.55 / Num. measured all: 352039

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	6.3	0.904	0.533	3.79	26408	4196	4195	0.58	100
2.26-2.32		0.933	0.445	4.61	25845	4108	4108	0.484	100
2.32-2.39		0.949	0.368	5.44	25414	4052	4051	0.401	100
2.39-2.46		0.969	0.293	6.58	24294	3863	3862	0.319	100
2.46-2.54		0.975	0.247	7.67	23787	3785	3785	0.269	100
2.54-2.63		0.98	0.215	8.76	22821	3644	3643	0.234	100
2.63-2.73		0.986	0.176	10.39	22153	3537	3536	0.192	100
2.73-2.84		0.991	0.141	12.46	21138	3388	3388	0.154	100
2.84-2.97		0.992	0.117	15	20285	3272	3270	0.127	99.9
2.97-3.11		0.994	0.092	18.09	19119	3129	3125	0.101	99.9
3.11-3.28		0.996	0.08	20.41	18100	2983	2982	0.087	100
3.28-3.48		0.997	0.068	23.25	16835	2818	2818	0.074	100
3.48-3.72		0.997	0.059	26.03	15581	2662	2660	0.065	99.9
3.72-4.02		0.997	0.054	27.86	14427	2506	2504	0.059	99.9
4.02-4.4		0.997	0.049	29.94	13159	2288	2287	0.054	100
4.4-4.92		0.998	0.045	30.8	11821	2080	2079	0.05	100
4.92-5.68		0.998	0.042	31.45	10785	1848	1847	0.046	99.9
5.68-6.96		0.998	0.042	31.19	9332	1586	1586	0.046	100
6.96-9.84		0.999	0.033	32.8	7158	1253	1253	0.037	100
9.84-50		0.999	0.029	32.7	3577	736	696	0.032	94.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KMM

1kmm

解像度: 2.2→47.54 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	2000	3.47 %
R_work	0.1647	55669	-
obs	0.1661	57669	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.02 Å² / B_iso mean: 41.3577 Å² / B_iso min: 14.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→47.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6031	0	86	460	6577
B_iso mean	-	-	34.9	41.88	-
残基数	-	-	-	-	786

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	8519
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.801	3731

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2001-2.2551	0.2458	141	0.1874	3906	4047	100
2.2551-2.316	0.2706	141	0.1837	3938	4079	100
2.316-2.3842	0.2464	142	0.1768	3974	4116	100
2.3842-2.4611	0.1983	141	0.1712	3902	4043	100
2.4611-2.5491	0.2863	141	0.1685	3934	4075	100
2.5491-2.6512	0.2288	142	0.1706	3962	4104	100
2.6512-2.7718	0.2204	143	0.1737	3949	4092	100
2.7718-2.9179	0.2157	141	0.1726	3946	4087	100
2.9179-3.1007	0.2136	143	0.1685	3965	4108	100
3.1007-3.3401	0.2101	142	0.1728	3978	4120	100
3.3401-3.6761	0.2328	145	0.16	4003	4148	100
3.6761-4.2077	0.1709	142	0.1424	3989	4131	100
4.2077-5.3002	0.1432	146	0.1378	4047	4193	100
5.3002-47.5513	0.215	150	0.1875	4176	4326	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0247	0.6636	-0.3079	2.0506	-0.7635	1.1658	-0.1146	0.1424	-0.1194	-0.2356	0.0752	-0.4591	0.0018	0.1498	0.0386	0.2268	-0.0515	0.0501	0.2613	-0.0544	0.293	38.153	30.7779	25.0852
2	2.0701	1.5453	-0.7718	1.6862	-1.0915	0.6992	0.1978	-0.0471	0.0768	-0.0777	-0.0045	-0.1385	-0.2835	0.2295	-0.0992	0.2471	-0.0159	0.0011	0.1977	-0.013	0.231	30.685	31.3168	32.3753
3	3.5581	-0.9328	-0.3489	4.2064	0.473	1.7769	0.2692	-0.1491	0.5795	0.2151	0.0608	-0.1004	-0.3654	0.0264	-0.2467	0.3226	-0.0188	0.1056	0.2388	-0.0152	0.3015	2.2494	28.6955	57.7818
4	3.0483	2.561	2.3235	2.3288	1.5746	2.879	-1.2551	-1.0661	0.8709	0.4039	0.2024	-0.401	-1.7174	-0.4281	1.1017	0.3171	-0.0984	0.0335	0.3652	-0.0564	0.2677	38.8626	29.623	23.8661
5	1.5929	0.812	-0.677	1.2011	-0.3217	0.8913	-0.1036	-0.0151	-0.3578	-0.0232	-0.0074	-0.2275	0.1962	0.0394	0.069	0.2176	-0.0113	-0.0166	0.2157	-0.0011	0.2561	19.5817	8.1402	44.1972
6	0.4026	0.7715	-0.7985	2.5625	-1.3734	2.2769	-0.0463	0.0122	0.1469	-0.2108	0.478	0.5982	-0.1188	-0.6188	-0.4116	0.388	-0.0093	-0.0294	0.5853	0.1817	0.385	15.3733	44.3293	13.6726
7	2.0247	2.0075	1.9986	2.0053	2.0001	1.997	0.2533	-0.0721	0.054	-0.2094	-0.5521	0.489	0.0238	-0.7906	0.3342	0.2562	-0.058	0.029	0.3078	-0.0926	0.2887	21.0177	8.1921	44.9674

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 282 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 283 through 340 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 341 through 431 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 502 through 502 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 323 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 324 through 430 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 502 through 502 )	B

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)