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- PDB-1tme: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tme
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THEILER VIRUS
要素
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
  • THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...host cell nucleolus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. ...Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Theiler's encephalomyelitis virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Grant, R.A. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional structure of Theiler virus.
著者: Grant, R.A. / Filman, D.J. / Fujinami, R.S. / Icenogle, J.P. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
履歴
登録1992年1月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 285THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT. IN ADDITION, THE ...THE ENTRY PRESENTED HERE DOES NOT CONTAIN THE COMPLETE CRYSTAL ASYMMETRIC UNIT. IN ADDITION, THE COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME. IN ORDER TO GENERATE THE FULL CRYSTAL AU, APPLY THE FOLLOWING TRANSFORMATION MATRIX OR MATRICES AND SELECTED BIOMT RECORDS TO THE COORDINATES, AS SHOWN BELOW. X0 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 X0 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 X0 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 CRYSTAL AU = (X0) * (BIOMT 1-5,11-15,21-30,41-50) * CHAINS 1,2,3,4

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8624
ポリマ－92,8624
非ポリマー00
水5,891327
1
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,571,700240
ポリマ－5,571,700240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 464 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)464,30820
ポリマ－464,30820
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 557 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,17024
ポリマ－557,17024
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
1: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)
2: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)
3: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)
4: THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.79 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,785,850120
ポリマ－2,785,850120
非ポリマー00
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)360.500, 338.400, 348.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 1 105 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 85
3: SOLVENT MOLECULES WITH OCCUPANCIES SIGNIFICANTLY GREATER THAN 1.0 ARE SUSPECTED TO BE ANION OR CATION SITES.
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP1)


分子量: 30385.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: DA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P13899
#2: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP2)


分子量: 29544.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: DA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P13899
#3: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP3)


分子量: 25824.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: DA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P13899
#4: タンパク質 THEILER'S MURINE ENCEPHALOMYELITIS VIRUS (SUBUNIT VP4)


分子量: 7107.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Theiler's encephalomyelitis virus (STRAIN DA) (ウイルス)
属: Cardiovirus / 生物種: Theilovirus / 株: DA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P13899
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細SOLVENT MOLECULES WITH OCCUPANCIES SIGNIFICANTLY GREATER THAN 1.0 ARE SUSPECTED TO BE ANION OR CATION SITES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis / PH range low: 7.3 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlvirus1drop
310 mMNa PIPES1reservoir
21reservoirprogressively lower concentrationNaCl

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 473861 / Num. measured all: 1154291 / Rmerge(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア名称: REAL-SPACE / バージョン: REFINEMENT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→30 Å
詳細: THE ELECTRON DENSITY WAS INCONSISTENT WITH THE PREDICTED AMINO ACID SEQUENCE DERIVED FROM THE GENE SEQUENCE OF THE DA STRAIN OF TMEV AT THREE SITES. THE STRUCTURE PRESENTED IN THIS ENTRY ...詳細: THE ELECTRON DENSITY WAS INCONSISTENT WITH THE PREDICTED AMINO ACID SEQUENCE DERIVED FROM THE GENE SEQUENCE OF THE DA STRAIN OF TMEV AT THREE SITES. THE STRUCTURE PRESENTED IN THIS ENTRY REFLECTS THE ELECTRON DENSITY AT THESE SITES. RESIDUE 214 OF VP1 WAS BUILT AS GLY. THIS RESIDUE HAS BEEN REPORTED TO BE EITHER LEU (Y.OHARA,S.STEIN,J.FU,L.STILLMAN, L.KLAMAN,R.P.ROOS (1988) VIROLOGY 164, 244-255) OR TRP (A.ZURBRIGGEN,J.M.HOGLE,R.S.FUJINAMI (1989) J.EXP.MED. 170, 2037-2049). SURROUNDING PORTIONS OF THE STRUCTURE PACK TOO CLOSELY TO PERMIT THIS RESIDUE TO HAVE A SIDE CHAIN AND NO SIDE CHAIN DENSITY IS VISIBLE IN THE MAP. RESIDUES 202 AND 230 OF VP3 ARE REPORTED TO BE ALA IN THE DATABASE BUT IN BOTH CASES THE ELECTRON DENSITY SUGGEST A LARGER SIDE CHAIN, EITHER THR OR VAL. A THR SIDE CHAIN WAS BUILT INTO POSITION 202 AND A VAL INTO POSITION 230. IN BOTH CASES THE CHANGE IN ASSIGNMENT IS CONSISTENT WITH THE LOCAL ENVIRONMENT OF THE SIDE CHAIN AND WITH THE SEQUENCE OF THE BEAN AND GDVII STRAINS OF TMEV. THE PRESENCE OF THR AT POSITION 202 HAS BEEN CONFIRMED BY THE SEQUENCING OF THE DA SEED STOCK (UNPUBLISHED DATA). ANOTHER DIFFERENCE BETWEEN THE SEQUENCE DATA BASE AND THE STRUCTURE PRESENTED IN THIS ENTRY IS AT RESIDUE 266 OF VP2 WHERE THE RESIDUE IN THE ENTRY WAS REFINED AS GLY INSTEAD OF ALA. THIS RESIDUE, THE CARBOXYL TERMINUS OF VP2, IS PARTLY DISORDERED AND NO SIDE CHAIN DENSITY WAS VISIBLE IN THE MAP.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3 --
obs-473961 46 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5953 0 0 327 6280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'PSEUDO-REAL SPACE PROCEDURE' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 473961 / Rfactor obs: 0.3
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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