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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9598 | |||||||||
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タイトル | Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, dissociated S1-ACE2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Gui M / Song W | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the SARS coronavirus spike glycoprotein in complex with its host cell receptor ACE2. 著者: Wenfei Song / Miao Gui / Xinquan Wang / Ye Xiang / 要旨: The trimeric SARS coronavirus (SARS-CoV) surface spike (S) glycoprotein consisting of three S1-S2 heterodimers binds the cellular receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) and mediates fusion ...The trimeric SARS coronavirus (SARS-CoV) surface spike (S) glycoprotein consisting of three S1-S2 heterodimers binds the cellular receptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) and mediates fusion of the viral and cellular membranes through a pre- to postfusion conformation transition. Here, we report the structure of the SARS-CoV S glycoprotein in complex with its host cell receptor ACE2 revealed by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The complex structure shows that only one receptor-binding domain of the trimeric S glycoprotein binds ACE2 and adopts a protruding "up" conformation. In addition, we studied the structures of the SARS-CoV S glycoprotein and its complexes with ACE2 in different in vitro conditions, which may mimic different conformational states of the S glycoprotein during virus entry. Disassociation of the S1-ACE2 complex from some of the prefusion spikes was observed and characterized. We also characterized the rosette-like structures of the clustered SARS-CoV S2 trimers in the postfusion state observed on electron micrographs. Structural comparisons suggested that the SARS-CoV S glycoprotein retains a prefusion architecture after trypsin cleavage into the S1 and S2 subunits and acidic pH treatment. However, binding to the receptor opens up the receptor-binding domain of S1, which could promote the release of the S1-ACE2 complex and S1 monomers from the prefusion spike and trigger the pre- to postfusion conformational transition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9598.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9598-v30.xml emd-9598.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9598_fsc.xml | 3.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9598.png | 35.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9598 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9583C 9584C 9585C 9586C 9587C 9588C 9589C 9591C 9593C 9594C 9595C 9596C 9597C 6accC 6acdC 6acgC 6acjC 6ackC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein an...
全体 | 名称: Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, dissociated S1-ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein an...
超分子 | 名称: Trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike glycoprotein and ACE2 complex, dissociated S1-ACE2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: S1 subunit of trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike
超分子 | 名称: S1 subunit of trypsin-cleaved and low pH-treated SARS-CoV spike タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: SARS coronavirus (SARS コロナウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-超分子 #3: human ACE2
超分子 | 名称: human ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |