PDB-5gk2: The structure of the H302A mutant of StlD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gk2

タイトル

The structure of the H302A mutant of StlD

要素

Ketosynthase StlD

キーワード

TRANSFERASE / ketosynthase

機能・相同性

3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / secondary metabolite biosynthetic process / acyltransferase activity / Thiolase-like / Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 complete genome segment 8/17

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Mori, T. / Dngfeng, Y. / Morita, H. / Abe, I.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Structural Insight into the Enzymatic Formation of Bacterial Stilbene.
著者: Mori, T. / Awakawa, T. / Shimomura, K. / Saito, Y. / Yang, D. / Morita, H. / Abe, I.

履歴

登録	2016年7月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gk2.cif.gz	309.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gk2.ent.gz	251 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gk0SC 5gk1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gk1-2 5gk1-1 5gk0-1 6fa5-d 5gk0-2 6fa9-d 3sjd-1 1st4-d 4as3-2 6yzf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ketosynthase StlD

B: Ketosynthase StlD

C: Ketosynthase StlD

D: Ketosynthase StlD

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ketosynthase StlD

B: Ketosynthase StlD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ketosynthase StlD

D: Ketosynthase StlD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.170, 127.920, 108.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ketosynthase StlD 分子量: 44684.375 Da / 分子数: 4 / 変異: H302A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア) 株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu2164 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q7N4Z6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ketosynthase StlD

分子量: 44684.375 Da / 分子数: 4 / 変異: H302A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Photorhabdus luminescens subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア)
株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu2164 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q7N4Z6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12.5% PEG 4000, 100mM Tris-HCl (pH8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 86674 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.45 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.24
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 3.32 % / R_merge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GK0

5gk0

解像度: 2.201→41.698 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2242	4334	5 %
R_work	0.1742	-	-
obs	0.1767	86666	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→41.698 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11820	0	0	568	12388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	16312
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.441	7240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2112

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2008-2.2258	0.3634	138	0.2765	2617	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2258-2.252	0.2822	146	0.2449	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.252-2.2794	0.2703	141	0.2314	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2794-2.3083	0.3033	146	0.2181	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3083-2.3387	0.2573	146	0.209	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3387-2.3707	0.2663	142	0.2145	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3707-2.4046	0.2624	144	0.2174	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4046-2.4405	0.2959	146	0.2045	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4405-2.4786	0.2483	143	0.2077	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4786-2.5192	0.2879	144	0.2063	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5192-2.5627	0.3063	144	0.2092	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5627-2.6092	0.2996	145	0.2144	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6092-2.6594	0.2684	145	0.204	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6594-2.7137	0.2882	144	0.2028	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7137-2.7727	0.2468	145	0.194	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7727-2.8372	0.2522	144	0.1985	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8372-2.9081	0.2386	144	0.1959	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9081-2.9867	0.2407	146	0.1908	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9867-3.0746	0.2791	143	0.1861	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0746-3.1738	0.2383	147	0.1844	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1738-3.2872	0.2082	143	0.1786	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2872-3.4187	0.2449	144	0.1719	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4187-3.5742	0.2274	144	0.1635	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5742-3.7626	0.2	146	0.1573	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7626-3.9981	0.1941	146	0.1518	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9981-4.3065	0.1725	144	0.1446	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3065-4.7394	0.1579	145	0.1295	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7394-5.4239	0.1936	145	0.1409	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4239-6.8287	0.2193	145	0.1666	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8287-41.7053	0.1619	149	0.1456	2813	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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