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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0365 | |||||||||
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タイトル | Structure of bacteriophage T7 leading-strand DNA polymerase (D5A/E7A)/Trx in complex with a DNA fork and incoming dTTP (from multiple lead complexes) | |||||||||
マップデータ | D5AE7A mutant gp5 DNA polymerase complexed with trx, fork DNA, and incoming dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complexes) | |||||||||
試料 |
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キーワード | DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / helicase (ヘリカーゼ) / DNA replication (DNA複製) / replisome / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ ...DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T7 (ファージ) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao Y / Fox T | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Structures and operating principles of the replisome. 著者: Yang Gao / Yanxiang Cui / Tara Fox / Shiqiang Lin / Huaibin Wang / Natalia de Val / Z Hong Zhou / Wei Yang / 要旨: Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model ...Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model system, we determined cryo-electron microscopy structures up to 3.2-angstroms resolution of helicase translocating along DNA and of helicase-polymerase-primase complexes engaging in synthesis of both DNA strands. Each domain of the spiral-shaped hexameric helicase translocates sequentially hand-over-hand along a single-stranded DNA coil, akin to the way AAA+ ATPases (adenosine triphosphatases) unfold peptides. Two lagging-strand polymerases are attached to the primase, ready for Okazaki fragment synthesis in tandem. A β hairpin from the leading-strand polymerase separates two parental DNA strands into a T-shaped fork, thus enabling the closely coupled helicase to advance perpendicular to the downstream DNA duplex. These structures reveal the molecular organization and operating principles of a replisome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0365.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0365-v30.xml emd-0365.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0365.png | 75.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0365.cif.gz | 6.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0365 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0365 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6n7wMC 0357C 0359C 0362C 0363C 0364C 0379C 0380C 0381C 0382C 0386C 0387C 0388C 0389C 0390C 0391C 0392C 0393C 0394C 0395C 6n7iC 6n7nC 6n7sC 6n7tC 6n7vC 6n9uC 6n9vC 6n9wC 6n9xC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | D5AE7A mutant gp5 DNA polymerase complexed with trx, fork DNA, and incoming dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complexes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : D5AE7A mutant gp5 DNA polymerase complexed with trx, fork DNA, an...
全体 | 名称: D5AE7A mutant gp5 DNA polymerase complexed with trx, fork DNA, and incoming dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complexes) |
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要素 |
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-超分子 #1: D5AE7A mutant gp5 DNA polymerase complexed with trx, fork DNA, an...
超分子 | 名称: D5AE7A mutant gp5 DNA polymerase complexed with trx, fork DNA, and incoming dTTP (from gp4-gp5 leading-strand complexes) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) |
-分子 #1: DNA-directed DNA polymerase
分子 | 名称: DNA-directed DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 79.805625 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIVSDIEANA LLESVTKFHC GVIYDYSTAE YVSYRPSDFG AYLDALEAEV ARGGLIVFHN GHKYDVPALT KLAKLQLNRE FHLPRENCI DTLVLSRLIH SNLKDTDMGL LRSGKLPGKR FGSHALEAWG YRLGEMKGEY KDDFKRMLEE QGEEYVDGME W WNFNEEMM ...文字列: MIVSDIEANA LLESVTKFHC GVIYDYSTAE YVSYRPSDFG AYLDALEAEV ARGGLIVFHN GHKYDVPALT KLAKLQLNRE FHLPRENCI DTLVLSRLIH SNLKDTDMGL LRSGKLPGKR FGSHALEAWG YRLGEMKGEY KDDFKRMLEE QGEEYVDGME W WNFNEEMM DYNVQDVVVT KALLEKLLSD KHYFPPEIDF TDVGYTTFWS ESLEAVDIEH RAAWLLAKQE RNGFPFDTKA IE ELYVELA ARRSELLRKL TETFGSWYQP KGGTEMFCHP RTGKPLPKYP RIKTPKVGGI FKKPKNKAQR EGREPCELDT REY VAGAPY TPVEHVVFNP SSRDHIQKKL QEAGWVPTKY TDKGAPVVDD EVLEGVRVDD PEKQAAIDLI KEYLMIQKRI GQSA EGDKA WLRYVAEDGK IHGSVNPNGA VTGRATHAFP NLAQIPGVRS PYGEQCRAAF GAEHHLDGIT GKPWVQAGID ASGLE LRCL AHFMARFDNG EYAHEILNGD IHTKNQIAAE LPTRDNAKTF IYGFLYGAGD EKIGQIVGAG KERGKELKKK FLENTP AIA ALRESIQQTL VESSQWVAGE QQVKWKRRWI KGLDGRKVHV RSPHAALNTL LQSAGALICK LWIIKTEEML VEKGLKH GW DGDFAYMAWV HDEIQVGCRT EEIAQVVIET AQEAMRWVGD HWNFRCLLDT EGKMGPNWAI CH UniProtKB: DNAポリメラーゼ |
-分子 #2: TrxA
分子 | 名称: TrxA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 11.818582 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSDKIIHLTD DSFDTDVLKA DGAILVDFWA EWCGPCKMIA PILDEIADEY QGKLTVAKLN IDQNPGTAPK YGIRGIPTLL LFKNGEVAA TKVGALSKGQ LKEFLDANLA UniProtKB: Thioredoxin 1 |
-分子 #3: DNA (25-MER)
分子 | 名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 7.716011 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DG)(2DA) |
-分子 #4: DNA (77-MER)
分子 | 名称: DNA (77-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 23.278844 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT) (DC)(DG)(DA)(DC)(DT) ...文字列: (DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT) (DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) (DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: TTP |
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分子量 | 理論値: 482.168 Da |
Chemical component information | ChemComp-TTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | 詳細: unspecified | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 129003 |