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万見
- PDB-6n9u: Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n9u
タイトルStructure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) interacting with primase domains of two gp4 subunits bound to an RNA/DNA hybrid and dTTP (from LagS1)
要素
  • DNA (44-MER)
  • DNA primase/helicase
  • DNA-directed DNA polymerase
  • RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*G)-D(P*(DOC))-3')
キーワードHYDROLASE / TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / primase / helicase / DNA replication / replisome / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / DNA replication, synthesis of primer / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA helicase activity / DNA-templated DNA replication / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity ...DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / DNA replication, synthesis of primer / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA helicase activity / DNA-templated DNA replication / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T7 DNA helicase/primase / : / Bacteriophage T7 DNA helicase/primase, N-terminal a+b fold / Bacteriophage T7, Gp4, DNA primase/helicase, N-terminal / Zinc-binding domain of primase-helicase / Zinc-binding domain of primase-helicase / DNA-directed DNA polymerase T7 / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / Toprim-like ...Bacteriophage T7 DNA helicase/primase / : / Bacteriophage T7 DNA helicase/primase, N-terminal a+b fold / Bacteriophage T7, Gp4, DNA primase/helicase, N-terminal / Zinc-binding domain of primase-helicase / Zinc-binding domain of primase-helicase / DNA-directed DNA polymerase T7 / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / Toprim-like / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / TOPRIM / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed DNA polymerase / DNA helicase/primase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gao, Y. / Fox, T. / Val, N. / Yang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1S10RR23057 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structures and operating principles of the replisome.
著者: Yang Gao / Yanxiang Cui / Tara Fox / Shiqiang Lin / Huaibin Wang / Natalia de Val / Z Hong Zhou / Wei Yang /
要旨: Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model ...Visualization in atomic detail of the replisome that performs concerted leading- and lagging-DNA strand synthesis at a replication fork has not been reported. Using bacteriophage T7 as a model system, we determined cryo-electron microscopy structures up to 3.2-angstroms resolution of helicase translocating along DNA and of helicase-polymerase-primase complexes engaging in synthesis of both DNA strands. Each domain of the spiral-shaped hexameric helicase translocates sequentially hand-over-hand along a single-stranded DNA coil, akin to the way AAA+ ATPases (adenosine triphosphatases) unfold peptides. Two lagging-strand polymerases are attached to the primase, ready for Okazaki fragment synthesis in tandem. A β hairpin from the leading-strand polymerase separates two parental DNA strands into a T-shaped fork, thus enabling the closely coupled helicase to advance perpendicular to the downstream DNA duplex. These structures reveal the molecular organization and operating principles of a replisome.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0379
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA primase/helicase
F: DNA primase/helicase
H: DNA-directed DNA polymerase
P: RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*G)-D(P*(DOC))-3')
T: DNA (44-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,1159
ポリマ－220,5195
非ポリマー5964
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area9130 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area51740 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 EFH

#1: タンパク質 DNA primase/helicase / Gene product 4 / Gp4


分子量: 62734.430 Da / 分子数: 2 / 変異: E343Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03692, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA-directed DNA polymerase / Gene product 5 / Gp5


分子量: 79805.625 Da / 分子数: 1 / 変異: D5A, E7A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00581, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*CP*AP*G)-D(P*(DOC))-3')


分子量: 1842.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
#4: DNA鎖 DNA (44-MER)


分子量: 13402.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: gp5 DNA polymerase and two gp4 primase subunits complexed with trx, RNA/DNA hybrid, and incoming dTTP (from gp4-gp5 lagging-strand complex LagS1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris1
2150 mMpotassium chlorideKCl1
33 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70745 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 1T8E

1t8e


Accession code: 1T8E / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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