PDB-9glt: Crystal Structure of Yeast Ubc13 C87E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9glt

タイトル

Crystal Structure of Yeast Ubc13 C87E

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

キーワード

LIGASE / Ubiquitin conjugating protein E2 UBC13~UB thioester complex mimic

機能・相同性

機能・相同性情報

protein targeting to vacuolar membrane / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / ubiquitin conjugating enzyme complex / free ubiquitin chain polymerization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / fungal-type vacuole membrane / postreplication repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9glt.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9glt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9glt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 1jbb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (8) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (7)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (5)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

BBB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13

登録者が定義した集合体
17.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.603, 127.663, 42.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 13 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme 13 / Ubiquitin carrier protein 13 / Ubiquitin-protein ligase 13 分子量: 17573.008 Da / 分子数: 2 / 変異: C87E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UBC13 C87E Chain A 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: UBC13, YDR092W, YD6652.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52490, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→42.08 Å / Num. obs: 46789 / % possible obs: 98.06 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.26 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 11.87
反射シェル	解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4758 / CC_1/2: 0.737 / R_rim(I) all: 0.5799 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot	WinCoot 0.9.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→42.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 1.511 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	2339	5.004 %
R_work	0.1913	44406	-
all	0.193	-	-
obs	-	46745	98.074 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.453 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.128 Å²	-0 Å²	0.148 Å²
2-	-	-0.103 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.056 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2366	0	0	292	2658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.654	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.49	1.576	5391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.402	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.148	23.226	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.662	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.746	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.361	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.672	1.578	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.671	1.576	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.416	2.363	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.415	2.364	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.772	1.894	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.771	1.895	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.077	2.725	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.076	2.727	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.475	20.447	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.341	19.856	2787

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.488	0.282	177	0.253	3341	X-RAY DIFFRACTION	99.7448
1.488-1.528	0.261	178	0.24	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.5923
1.528-1.573	0.256	176	0.229	3138	X-RAY DIFFRACTION	99.4299
1.573-1.621	0.275	155	0.216	3089	X-RAY DIFFRACTION	99.4177
1.621-1.674	0.253	162	0.205	2909	X-RAY DIFFRACTION	98.8095
1.674-1.733	0.252	156	0.203	2852	X-RAY DIFFRACTION	99.5038
1.733-1.798	0.246	144	0.197	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.3529
1.798-1.872	0.271	140	0.201	2633	X-RAY DIFFRACTION	98.8944
1.872-1.955	0.259	117	0.202	2569	X-RAY DIFFRACTION	98.2084
1.955-2.05	0.215	120	0.195	2408	X-RAY DIFFRACTION	98.6344
2.05-2.161	0.247	127	0.191	2307	X-RAY DIFFRACTION	97.6334
2.161-2.292	0.215	98	0.185	2139	X-RAY DIFFRACTION	97.1764
2.292-2.45	0.226	95	0.182	2055	X-RAY DIFFRACTION	97.5942
2.45-2.646	0.217	108	0.173	1854	X-RAY DIFFRACTION	96.1293
2.646-2.898	0.22	94	0.198	1717	X-RAY DIFFRACTION	96.5867
2.898-3.239	0.232	81	0.184	1535	X-RAY DIFFRACTION	93.7899
3.239-3.738	0.204	74	0.176	1352	X-RAY DIFFRACTION	95.7047
3.738-4.575	0.2	60	0.152	1124	X-RAY DIFFRACTION	94.4179
4.575-6.453	0.184	50	0.199	890	X-RAY DIFFRACTION	93.1615
6.453-42.08	0.227	27	0.21	478	X-RAY DIFFRACTION	92.6606

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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