PDB-9glj: Crystal Structure of UFC1 T106A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9glj

タイトル

Crystal Structure of UFC1 T106A

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / Brain development / Infantile encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.213 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9glj.cif.gz	55.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9glj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9glj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.222, 47.222, 142.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-296- HOH
2	1	AAA-316- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19610.518 Da / 分子数: 1 / 変異: T106A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Threonine at 106th position is mutated to Alanine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.213→33.43 Å / Num. obs: 49774 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 15.33 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 15.16
反射シェル	解像度: 1.213→1.256 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 4863 / CC_1/2: 0.836 / R_rim(I) all: 0.3448 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC		data processing
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.213→33.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.677 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	2494	5.011 %
R_work	0.1768	47280	-
all	0.178	-	-
obs	-	49774	99.998 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.434 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.061 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.061 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.213→33.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1337	0	0	207	1544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.916	1.646	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.52	1.583	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.323	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.122	21.728	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.004	15	241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.406	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	343
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.313	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.435	1.583	689
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.426	1.575	688
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.124	2.365	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.124	2.374	871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.798	1.845	745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.797	1.852	746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.042	2.66	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.041	2.66	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.992	19.37	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.811	18.811	1635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.213-1.244	0.255	171	0.252	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.244-1.278	0.215	196	0.215	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.278-1.315	0.223	160	0.221	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.315-1.356	0.244	165	0.208	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.356-1.4	0.212	144	0.197	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.449	0.233	171	0.183	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.449-1.504	0.176	136	0.174	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.504-1.565	0.198	149	0.165	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.565-1.635	0.189	140	0.159	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.635-1.715	0.234	141	0.165	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.715-1.807	0.189	118	0.168	2460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.807-1.917	0.197	126	0.167	2307	X-RAY DIFFRACTION	100
1.917-2.049	0.196	130	0.179	2175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.049-2.212	0.173	105	0.161	2049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.423	0.199	101	0.166	1882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.423-2.708	0.194	88	0.174	1742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.708-3.125	0.202	95	0.177	1525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.125-3.823	0.166	74	0.166	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
3.823-5.387	0.198	47	0.162	1069	X-RAY DIFFRACTION	100
5.387-33.43	0.248	37	0.23	652	X-RAY DIFFRACTION	99.8551

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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