PDB-9glp: Crystal Structure of UFC1 C116E&T106I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9glp

タイトル

Crystal Structure of UFC1 C116E&T106I

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / UFC1~UFM1 thioester mimic

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9glp.cif.gz	53.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9glp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9glp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9glp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.837, 46.837, 144.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-329- HOH
2	1	AAA-335- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19678.568 Da / 分子数: 1 / 変異: C116E, T106I / 由来タイプ: 組換発現詳細: Threonine and Cysteine at 106th and 116th positions are mutated to Isoleucine and Glutamate respectively 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→44.543 Å / Num. obs: 16486 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 20.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.04144 / Net I/σ(I): 13.74
反射シェル	解像度: 1.77→1.833 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.44 / Num. unique obs: 1605 / CC_1/2: 0.924 / R_rim(I) all: 0.2425 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot	WinCoot 0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→44.543 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.428 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	853	5.174 %
R_work	0.1777	15633	-
all	0.179	-	-
obs	-	16486	99.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.787 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.042 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.042 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.084 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→44.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1329	0	17	119	1465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.642	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.454	1.58	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.434	22.466	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.472	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.714	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.24	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.713	1.824	656
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.684	1.818	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.444	2.72	820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.443	2.728	821
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.733	2.189	732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.707	2.174	729
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.055	3.136	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.006	3.113	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.854	21.689	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.846	21.51	1556

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.77-1.816	0.288	46	0.218	1144	0.22	1190	0.902	0.933	100	0.204
1.816-1.866	0.208	57	0.21	1098	0.21	1155	0.944	0.931	100	0.196
1.866-1.92	0.243	70	0.217	1047	0.219	1117	0.923	0.926	100	0.199
1.92-1.979	0.26	57	0.201	1047	0.204	1104	0.9	0.93	100	0.186
1.979-2.043	0.255	56	0.191	1001	0.194	1057	0.916	0.942	100	0.172
2.043-2.115	0.209	47	0.178	992	0.18	1039	0.938	0.951	100	0.165
2.115-2.194	0.261	56	0.175	932	0.179	988	0.918	0.957	100	0.164
2.194-2.284	0.193	57	0.173	905	0.174	962	0.957	0.957	100	0.16
2.284-2.385	0.22	49	0.177	880	0.179	929	0.947	0.958	100	0.164
2.385-2.501	0.145	42	0.161	837	0.161	880	0.974	0.963	99.8864	0.151
2.501-2.636	0.231	46	0.168	809	0.171	855	0.951	0.963	100	0.158
2.636-2.795	0.225	33	0.164	773	0.166	806	0.947	0.966	100	0.158
2.795-2.987	0.159	35	0.181	724	0.18	759	0.966	0.962	100	0.176
2.987-3.226	0.176	45	0.182	670	0.182	715	0.964	0.961	100	0.178
3.226-3.532	0.245	36	0.165	631	0.17	667	0.952	0.969	100	0.168
3.532-3.945	0.145	38	0.163	569	0.161	607	0.98	0.973	100	0.172
3.945-4.55	0.193	20	0.142	527	0.144	547	0.985	0.979	100	0.156
4.55-5.558	0.153	27	0.18	449	0.179	476	0.984	0.975	100	0.204
5.558-7.8	0.25	21	0.198	362	0.201	383	0.957	0.971	100	0.214
7.8-44.543	0.149	14	0.232	231	0.228	247	0.967	0.938	99.1903	0.294

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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