PDB-9ia8: Crystal Structure of UFC1 K108R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ia8

タイトル

Crystal Structure of UFC1 K108R

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / UFM1 conjugating enzyme / UFC1 / UFMylation / UFM1 transferring enzyme / Aminoacyl transferase activity / Ligase activity / Transthiolation

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2025年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ia8.cif.gz	53.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ia8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ia8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/9ia8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/9ia8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 2z6o C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.010, 47.010, 142.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-288- HOH
2	1	AAA-318- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19668.559 Da / 分子数: 1 / 変異: K08R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lysine at 108th position is mutated to Arginine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7-Express / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.63 Å / Num. obs: 13433 / % possible obs: 96.78 % / 冗長度: 1.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.33 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.52
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 971 / CC_1/2: 0.474 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
Coot	0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→44.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 5.526 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	669	5.042 %
R_work	0.205	12599	-
all	0.207	-	-
obs	-	13268	99.527 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.341 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.211 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.211 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.421 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1335	0	0	159	1494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.646	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.368	1.582	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.928	5	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.279	21.711	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.685	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.048	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.126	1.701	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.125	1.695	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.743	2.537	830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.742	2.543	831
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.696	1.866	721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.696	1.87	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.72	2.718	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.718	2.718	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.514	20.127	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.358	19.855	1596

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.326	44	0.279	925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.949-2.002	0.297	37	0.297	876	X-RAY DIFFRACTION	99.5638
2.002-2.06	0.336	41	0.255	878	X-RAY DIFFRACTION	99.8913
2.06-2.124	0.256	53	0.225	818	X-RAY DIFFRACTION	99.8853
2.124-2.193	0.292	44	0.211	805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.193-2.27	0.277	31	0.23	811	X-RAY DIFFRACTION	99.763
2.27-2.355	0.303	32	0.277	763	X-RAY DIFFRACTION	97.546
2.355-2.451	0.258	46	0.221	731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.451-2.56	0.437	38	0.224	691	X-RAY DIFFRACTION	98.3806
2.56-2.684	0.264	39	0.205	668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.684-2.829	0.214	33	0.193	650	X-RAY DIFFRACTION	99.5627
2.829-3	0.24	33	0.196	632	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.206	0.216	33	0.194	578	X-RAY DIFFRACTION	99.8366
3.206-3.461	0.199	30	0.189	536	X-RAY DIFFRACTION	97.9239
3.461-3.79	0.234	29	0.155	505	X-RAY DIFFRACTION	100
3.79-4.233	0.164	37	0.14	467	X-RAY DIFFRACTION	100
4.233-4.881	0.132	19	0.132	418	X-RAY DIFFRACTION	99.5444
4.881-5.96	0.303	19	0.186	366	X-RAY DIFFRACTION	99.7409
5.96-8.354	0.237	21	0.216	291	X-RAY DIFFRACTION	99.3631
8-44.63	0.327	10	0.211	190	X-RAY DIFFRACTION	99.0099

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)