PDB-9gmn: Crystal Structure of UFC1 T106V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gmn

タイトル

Crystal Structure of UFC1 T106V

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / UFM1 conjugating enzyme1 / UBC core domain containing protein / Brain development / Infantile encephalopathy

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gmn.cif.gz	52 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gmn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o 7nvj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

19.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.590, 46.590, 142.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-253- HOH
2	1	AAA-264- HOH
3	1	AAA-292- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19638.570 Da / 分子数: 1 / 変異: T106V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Threonine at 106th position is mutated to Valine / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.63 Å / Num. obs: 20248 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.73 % / B_iso Wilson estimate: 27.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 13.77
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 1501 / CC_1/2: 0.73 / R_rim(I) all: 0.73 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→35.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.371 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	545	4.817 %
R_work	0.1775	10768	-
all	0.18	-	-
obs	-	11313	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.514 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.514 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1319	0	0	111	1430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.643	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.344	1.579	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.541	5	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.173	22.4	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.277	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.189	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.665	2.107	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.626	2.104	665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.353	3.146	836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.352	3.149	837
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.341	2.406	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.339	2.408	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.645	3.492	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.644	3.494	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.783	24.839	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.733	24.562	1575

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.254	31	0.229	779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.233	38	0.204	744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.203	35	0.195	726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.262	35	0.189	732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.278	35	0.172	687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.389	0.237	26	0.194	669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.389-2.479	0.215	34	0.175	648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.479-2.58	0.262	34	0.179	635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.695	0.191	34	0.184	590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.826	0.203	40	0.171	573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.826-2.978	0.298	28	0.187	561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.978-3.158	0.187	22	0.193	537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.158-3.374	0.291	32	0.173	492	X-RAY DIFFRACTION	100
3.374-3.643	0.22	23	0.163	470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.643-3.988	0.137	20	0.142	434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.988-4.454	0.235	26	0.126	389	X-RAY DIFFRACTION	100
4.454-5.134	0.323	14	0.146	371	X-RAY DIFFRACTION	100
5.134-6.267	0.24	19	0.197	304	X-RAY DIFFRACTION	100
6.267-8.776	0.224	15	0.219	255	X-RAY DIFFRACTION	100
8.776-35.63	0.179	4	0.228	172	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)