PDB-9i9n: Crystal Structure of UFC1 C116E & K108A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i9n

タイトル

Crystal Structure of UFC1 C116E & K108A

要素

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

キーワード

LIGASE / Ubiquitin fold modifier conjugation enzyme 1 / UFC1 / UFMylation / transthiolation activity / Ligase activity / aminoacyl transferase activity / Thioester mimetic

機能・相同性

機能・相同性情報

UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Manoj Kumar, P. / Banerjee, S. / Weiner, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2025年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i9n.cif.gz	52.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i9n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i9n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/9i9n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9glsC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 2z6o C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric assembly

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.458, 46.458, 143.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-379- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1 分子量: 19608.412 Da / 分子数: 1 / 変異: C116E, K108A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UFC1 C116E & K108A / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1, CGI-126, HSPC155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7-Express / 参照: UniProt: Q9Y3C8
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→44.21 Å / Num. obs: 12610 / % possible obs: 92.84 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 23.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.03682 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 841 / CC_1/2: 0.806 / R_rim(I) all: 0.3467

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
EDNA		データ収集
autoPROC		データスケーリング
Coot	0.9.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→44.208 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.394 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	601	4.766 %
R_work	0.1793	12009	-
all	0.182	-	-
obs	-	12610	92.83 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.014 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.014 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.028 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→44.208 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1317	0	11	107	1435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.525	1.643	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.394	1.579	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.607	5	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.307	22.027	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.138	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.338	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.634	2.021	652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.599	2.02	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.218	3.019	815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.217	3.02	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.668	2.382	719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.642	2.365	716
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.053	3.444	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.009	3.418	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.361	24.365	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.319	24.13	1561

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.88-1.929	0.3	29	0.229	579	0.232	984	0.884	0.879	61.7886	0.233
1.929-1.981	0.26	37	0.212	659	0.215	924	0.883	0.912	75.3247	0.211
1.981-2.039	0.25	40	0.192	712	0.195	944	0.914	0.934	79.661	0.185
2.039-2.101	0.214	35	0.184	778	0.185	893	0.934	0.938	91.0414	0.179
2.101-2.17	0.261	42	0.178	770	0.183	869	0.923	0.945	93.4407	0.17
2.17-2.246	0.183	37	0.168	781	0.169	838	0.956	0.956	97.6134	0.164
2.246-2.331	0.234	30	0.178	805	0.18	841	0.939	0.951	99.2866	0.169
2.331-2.426	0.268	37	0.196	749	0.2	787	0.918	0.938	99.8729	0.187
2.426-2.533	0.251	47	0.183	720	0.187	767	0.938	0.946	100	0.173
2.533-2.656	0.284	28	0.172	697	0.176	725	0.922	0.95	100	0.164
2.656-2.799	0.292	33	0.174	672	0.179	705	0.926	0.951	100	0.164
2.799-2.969	0.209	27	0.183	636	0.184	663	0.931	0.951	100	0.176
2.969-3.172	0.192	30	0.179	600	0.18	631	0.963	0.955	99.8415	0.174
3.172-3.425	0.26	32	0.177	554	0.181	587	0.925	0.96	99.8296	0.174
3.425-3.75	0.211	39	0.165	502	0.168	542	0.961	0.967	99.8155	0.168
3.75-4.189	0.292	22	0.161	490	0.165	513	0.924	0.97	99.8051	0.171
4.189-4.829	0.171	10	0.143	432	0.143	443	0.973	0.977	99.7743	0.156
4.829-5.897	0.138	19	0.187	381	0.184	401	0.985	0.975	99.7506	0.199
5.897-8.267	0.19	17	0.229	298	0.227	318	0.972	0.965	99.0566	0.238
8.267-44.208	0.217	10	0.22	192	0.22	206	0.972	0.964	98.0583	0.276

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)