PDB-9gls: Crystal Structure of Human UBCH5B C85E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gls

タイトル

Crystal Structure of Human UBCH5B C85E

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

キーワード

LIGASE / Ubiquitin conjugating protein / E2~UB thioester mimic

機能・相同性

機能・相同性情報

(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Kumar, M. / Banerjee, S. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: UFC1 reveals the multifactorial and plastic nature of oxyanion holes in E2 conjugating enzymes.
著者: Kumar, M. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Mitelberg, M.B. / Tiwari, S. / Isupov, M.N. / Dessau, M. / Wiener, R.

履歴

登録	2024年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gls.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gls.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/9gls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9glhC 9gliC 9gljC 9glkC 9gllC 9glmC 9glnC 9gloC 9glpC 9glrC 9gltC 9gmmC 9gmnC 9gn8C 9i9mC 9i9nC 9i9oC 9i9pC 9ia8C 3tgd C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (14) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (12) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2

16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.916, 49.401, 63.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1 分子量: 16838.250 Da / 分子数: 1 / 変異: C85E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UBCH5B C85E / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10% PEG 200, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 9, 15% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→38.93 Å / Num. obs: 41718 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.24 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.04743 / Net I/σ(I): 12.33
反射シェル	解像度: 1.25→1.295 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 4119 / CC_1/2: 0.586 / R_rim(I) all: 0.9445 / % possible all: 98.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Coot	WinCoot 0.9.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→38.928 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.933 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	2054	4.924 %
R_work	0.1885	39663	-
all	0.189	-	-
obs	-	41717	98.752 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.687 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.134 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.315 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.181 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→38.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1168	0	0	120	1288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.015	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.651	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.667	1.577	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.637	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29	22.319	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.456	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.236	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.276	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.715	2.006	645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.693	2.004	644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.414	3.013	821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.424	3.015	822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.43	2.379	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.416	2.378	674
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.788	3.431	994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.782	3.431	994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.646	25.618	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.601	25.163	1481

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.25-1.282	0.341	156	0.324	2874	0.325	3075	0.737	0.742	98.5366	0.321
1.282-1.318	0.365	131	0.311	2841	0.313	3011	0.751	0.797	98.7048	0.304
1.318-1.356	0.331	148	0.273	2731	0.276	2908	0.802	0.835	99.0027	0.263
1.356-1.397	0.251	140	0.253	2669	0.253	2833	0.868	0.865	99.1528	0.236
1.397-1.443	0.258	107	0.236	2625	0.237	2767	0.9	0.896	98.7351	0.217
1.443-1.494	0.231	138	0.205	2494	0.207	2664	0.919	0.93	98.7988	0.186
1.494-1.55	0.214	151	0.196	2411	0.197	2576	0.933	0.942	99.4565	0.179
1.55-1.613	0.211	128	0.202	2340	0.202	2481	0.936	0.935	99.476	0.185
1.613-1.685	0.216	115	0.198	2242	0.199	2371	0.935	0.937	99.4095	0.185
1.685-1.767	0.247	129	0.195	2190	0.198	2325	0.93	0.942	99.7419	0.183
1.767-1.862	0.228	116	0.188	2033	0.19	2158	0.935	0.95	99.5829	0.182
1.862-1.975	0.19	121	0.182	1936	0.182	2070	0.95	0.953	99.372	0.186
1.975-2.111	0.204	80	0.185	1841	0.186	1937	0.941	0.952	99.174	0.196
2.111-2.279	0.214	87	0.177	1718	0.178	1829	0.945	0.955	98.6878	0.199
2.279-2.496	0.227	73	0.182	1562	0.183	1683	0.942	0.954	97.1479	0.208
2.496-2.789	0.21	63	0.183	1436	0.184	1521	0.945	0.956	98.5536	0.218
2.789-3.218	0.161	65	0.187	1282	0.186	1373	0.962	0.951	98.1063	0.234
3.218-3.935	0.246	48	0.177	1086	0.179	1165	0.947	0.966	97.3391	0.229
3.935-5.536	0.171	41	0.153	854	0.153	929	0.974	0.978	96.3401	0.212
5.536-38.928	0.191	17	0.22	498	0.219	568	0.961	0.958	90.669	0.318

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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