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- PDB-7vsw: Crystal structure of a Fab-like fragment of anti-mesothelin antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vsw
タイトルCrystal structure of a Fab-like fragment of anti-mesothelin antibody
要素
  • heavy chain
  • light chain
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / antibody / therapeutic
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yang, Z. / Ying, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070938 中国
引用ジャーナル: Small Methods / 年: 2022
タイトル: Design of a Novel Fab-Like Antibody Fragment with Enhanced Stability and Affinity for Clinical use.
著者: Wang, C. / Hong, J. / Yang, Z. / Zhou, X. / Yang, Y. / Kong, Y. / Chen, B. / Wu, H. / Qian, B.Z. / Dimitrov, D.S. / Zhou, X. / Wu, Y. / Ying, T.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: light chain
B: heavy chain
E: light chain
F: heavy chain
I: light chain
J: heavy chain
M: light chain
N: heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,4118
ポリマ－197,4118
非ポリマー00
水00
1
A: light chain
B: heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3532
ポリマ－49,3532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
2
E: light chain
F: heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3532
ポリマ－49,3532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
3
I: light chain
J: heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3532
ポリマ－49,3532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
4
M: light chain
N: heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3532
ポリマ－49,3532
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.900, 143.900, 261.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLUGLU(chain 'A' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))AA1 - 1051 - 105
121GLNGLNLEULEU(chain 'A' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))AA109 - 210109 - 210
231ASPASPGLUGLU(chain 'E' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))EC1 - 1051 - 105
241GLNGLNLEULEU(chain 'E' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))EC109 - 210109 - 210
351ASPASPGLUGLU(chain 'I' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))IE1 - 1051 - 105
361GLNGLNLEULEU(chain 'I' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))IE109 - 210109 - 210
471ASPASPGLUGLU(chain 'M' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))MG1 - 1051 - 105
481GLNGLNLEULEU(chain 'M' and (resid 1 through 106 or resid 109 through 211))MG109 - 210109 - 210
192GLNGLNLEULEU(chain 'B' and resid 1 through 223)BB1 - 2221 - 222
2102GLNGLNLEULEUchain 'F'FD1 - 2221 - 222
3112GLNGLNLEULEUchain 'J'JF1 - 2221 - 222
4122GLNGLNLEULEUchain 'N'NH1 - 2221 - 222

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体
light chain


分子量: 23726.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
heavy chain


分子量: 25626.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0 M sodium chloride and 0.1 M HEPES, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→28.22 Å / Num. obs: 55749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 84.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4039 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.722 / Χ2: 0.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
autoPROCdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CNR

6cnr


解像度: 3→21.17 Å / SU ML: 0.4201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 2818 5.08 %
Rwork0.2165 52616 -
obs0.2183 55434 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→21.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13508 0 0 0 13508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002613861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63218872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04332062
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.22968250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.050.38961350.34382589X-RAY DIFFRACTION99.85
3.05-3.110.40061620.32692551X-RAY DIFFRACTION99.89
3.11-3.170.36821430.32332586X-RAY DIFFRACTION99.71
3.17-3.230.3721220.31232605X-RAY DIFFRACTION99.53
3.23-3.30.34961230.30342607X-RAY DIFFRACTION99.67
3.3-3.380.39711440.29682567X-RAY DIFFRACTION99.71
3.38-3.460.30871340.26332619X-RAY DIFFRACTION99.71
3.46-3.550.30931380.26162603X-RAY DIFFRACTION99.78
3.55-3.660.27621590.25622583X-RAY DIFFRACTION99.53
3.66-3.780.31141490.25392625X-RAY DIFFRACTION99.96
3.78-3.910.25691390.24072604X-RAY DIFFRACTION99.75
3.91-4.070.25081330.22792617X-RAY DIFFRACTION99.82
4.07-4.250.26061320.20462636X-RAY DIFFRACTION99.75
4.25-4.470.23261520.19062634X-RAY DIFFRACTION99.86
4.47-4.750.18821370.17812625X-RAY DIFFRACTION99.75
4.75-5.110.19071560.1692645X-RAY DIFFRACTION99.75
5.11-5.620.23091420.17842645X-RAY DIFFRACTION99.75
5.62-6.410.21661310.19172702X-RAY DIFFRACTION99.72
6.41-80.23581450.19492734X-RAY DIFFRACTION99.83
8-21.170.20791420.18652839X-RAY DIFFRACTION99.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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