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- PDB-7rlw: Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRAAGQPAGDRAAGQPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rlw
タイトルAntibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRAAGQPAGDRAAGQPA
要素
  • 2F2 Fab heavy chain
  • 2F2 Fab light chain
  • PvCSPvk210 peptide from Circumsporozoite protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody / malaria / Plasmodium vivax / circumsporozoite protein
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Kucharska, I. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Other governmentOntario Early Researcher Awards program カナダ
Other governmentCanada Foundation for Innovation カナダ
Other governmentOntario Research Fund カナダ
Other governmentCanada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Plasmodium vivax inhibition by antibodies binding to the circumsporozoite protein repeats.
著者: Kucharska, I. / Hossain, L. / Ivanochko, D. / Yang, Q. / Rubinstein, J.L. / Pomes, R. / Julien, J.P.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: PvCSPvk210 peptide from Circumsporozoite protein
B: 2F2 Fab light chain
A: 2F2 Fab heavy chain
D: 2F2 Fab light chain
C: 2F2 Fab heavy chain
R: PvCSPvk210 peptide from Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,9976
ポリマ－99,9976
非ポリマー00
水1448
1
P: PvCSPvk210 peptide from Circumsporozoite protein
B: 2F2 Fab light chain
A: 2F2 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9993
ポリマ－49,9993
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 2F2 Fab light chain
C: 2F2 Fab heavy chain
R: PvCSPvk210 peptide from Circumsporozoite protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9993
ポリマ－49,9993
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.911, 60.396, 158.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.457, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 27 or (resid 28...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 3 through 119 or resid 121 through 178 or resid 180 through 214))
d_1ens_2(chain "B" and resid 1 through 213)
d_2ens_2(chain "D" and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNPROC1 - 125
d_12ens_1VALLEUC127 - 184
d_13ens_1SERLYSC186 - 220
d_21ens_1GLNPROE1 - 125
d_22ens_1VALLEUE127 - 184
d_23ens_1SERLYSE186 - 220
d_11ens_2ASPGLUB1 - 218
d_21ens_2ASPGLUD1 - 218

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997550059504, -0.0327514616431, 0.0618160217455), (-0.0354418781686, 0.998448804808, -0.0429401612689), (-0.0603137799851, -0.0450258363404, -0.997163437961)30.2094165553, -27.0407376172, 78.7987800261
2given(-0.998896134203, -0.00461296672705, 0.0467464823498), (-0.00703957826732, 0.998628559273, -0.0518791378333), (-0.0464430555834, -0.0521509457487, -0.997558680703)30.5895957798, -27.7616287398, 78.5898798715

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド PvCSPvk210 peptide from Circumsporozoite protein / CS


分子量: 1667.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) / 参照: UniProt: P08677
#2: 抗体 2F2 Fab light chain


分子量: 24284.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 2F2 Fab heavy chain


分子量: 24046.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.6 and 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→29.21 Å / Num. obs: 28642 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 64.73 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.54→2.65 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3484 / CC1/2: 0.529 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xiw

1xiw


解像度: 2.54→29.21 Å / SU ML: 0.4178 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1808
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1432 5.01 %
Rwork0.2012 27173 -
obs0.2038 28605 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6858 0 0 8 6866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00167036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47989568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04051071
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.16872522
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.602108450139
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.532432436279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.630.36411440.32822722X-RAY DIFFRACTION99.86
2.63-2.740.35741420.31262695X-RAY DIFFRACTION99.75
2.74-2.860.36561400.28562650X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-3.010.34731430.27242717X-RAY DIFFRACTION99.86
3.01-3.20.28751430.25362714X-RAY DIFFRACTION99.97
3.2-3.450.31271430.22962717X-RAY DIFFRACTION99.72
3.45-3.790.26651410.22552695X-RAY DIFFRACTION99.68
3.79-4.340.24961450.18322730X-RAY DIFFRACTION99.48
4.34-5.460.1871430.14932746X-RAY DIFFRACTION99.9
5.46-29.210.20271480.16442787X-RAY DIFFRACTION99.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.05287709841-2.55114001917-0.5473894033714.779434783331.339364795126.170399736131.11015259936-0.705900414405-0.8294066837740.23099165844-0.18064197598-0.01441969445650.127804271881-2.92880127643-1.007743663481.22697971407-0.349563860713-0.2641275334351.228250906470.415464924240.70168249906513.0646980781-7.4737317040843.1609603928
26.422542774125.721964053721.86871598785.854835191252.754003642923.850121283590.267749206173-0.8638159366680.9017687599421.022969054771.486219649610.60401713668-0.070770625425-1.38356145108-1.734642422090.853563782678-0.2752723753410.116063355731.08063007636-0.01029425233630.77025501465515.45733430785.3451799701140.9657812787
38.45726104173-0.995880550088-2.600423752861.374219476330.3594959409664.866211151830.0789405935692-0.6386220494090.1690787447380.567150281747-0.100675155669-0.4054074853730.0530614094090.3087878130540.006715249764520.708214775701-0.141262325222-0.1182978398670.4936963317740.02821812643880.52025351092431.2108209114-2.0088102562329.5160679251
41.39544515437-0.009017653269961.509791966992.870260193950.4517637817134.342411283940.4287225440180.0730597062217-0.445959476473-0.333231259017-0.00355144137109-0.4745998704490.4951993456510.129034046456-0.4196784408160.500452444772-0.003289631648210.1432644311560.46023727389-0.009310836306330.60078436419327.3862193707-8.0739485735-3.57705115793
52.08497456585-1.267672398972.053398281083.96068785015-1.766895946956.221126131430.1287689719390.3903968982570.222268690396-0.793752270636-0.380824776475-0.5700366185380.07797246376550.3128804729010.2993082498910.6629484053210.08122987114560.1930484620440.558265531460.01550193917070.79392068332929.1611805361-3.91617971224-9.61920726425
63.19285836233-0.7961773481741.72130532834.22325621406-2.502187906756.113749204820.339512995253-0.553657194585-0.1301478423780.367509104772-0.2872327965290.6119677123980.252269376148-0.389157326431-0.04125748244910.665922675086-0.07666314136760.1523372889530.556333577233-0.0423443332670.5512829124219.27289342439-3.6674460044224.0676814505
73.74462701877-0.7533500572720.7921867856434.74725664798-2.210100052885.238430302190.137413625678-0.3447128635270.1133607137850.588619234629-0.2358227233180.226938119365-0.175472093417-0.4786812803520.07234782008440.577616119512-0.1615921139740.1050492992780.624435475195-0.1065511813760.49088599374710.2275801903-1.0157885793629.151914361
84.5534285665-1.67305618781-0.5646367923397.838180999080.7315534516432.807455486220.00284999538040.178106675627-0.0835109321506-0.264362374971-0.1658371904880.00333296826769-0.03957132165-0.2294244276870.1354863100030.427186282335-0.01385972158370.02565619293340.490720670690.01085739398720.49947334435615.9717961527-11.7735679264-2.43349117591
96.20533957103-0.389877520817-3.096336951181.47965378637-0.9868728464539.55477403608-0.3191822071580.5968025354080.0280420373067-0.583604791720.244150011231-0.02109129288990.583130989314-0.4366568279110.07693341308360.620520615444-0.1396291649070.00494181644190.50096919029-0.003646722375380.3708766325950.469068889732-31.873390036946.9503427911
102.646358749581.22229925761-3.304356825041.61230831817-2.562545819857.49717191184-0.2036822936240.33765195446-0.0626300255686-0.486713813610.1441741832670.09054896584180.561280079388-0.4523990003940.07037852733020.489390622717-0.0331209735157-0.04676567880090.394334875873-0.0189325529340.39517854393-0.730631870116-31.851406479454.2174107923
114.753173835620.8443532003352.557152224153.049182872772.303692069085.54126903753-0.0286689482649-0.357507368749-0.04532683833660.5424341538520.120063566348-0.2528083718-0.0782466777930.128611985835-0.1065903683090.563454444251-0.00759154027873-0.01813109796820.3396098619240.01056577261560.4933913777922.49943456686-31.972028578987.7181769515
124.442718337570.8411951434420.2985892085784.033337997311.164581710858.89472510363-0.1234654831490.354538229296-0.357445176209-0.374037466592-0.0239789126148-0.7453924881030.2103639690150.6289709671760.1468876061520.4611731393880.00267339741460.1218072277850.5156812827760.04685703970760.6864680644422.0182844763-30.541148636951.2212005605
133.250279299361.45741664282-1.04937448113.90048730289-2.122201295483.05627778508-0.077181302649-0.07786850062650.03246090530330.2376454646540.00309750528320.0210048657367-0.01821186311680.09484295336480.1052388819050.5650285746910.0148517532395-0.1688168263910.405490592027-0.03615643917220.70093581986514.7007842923-39.103676845880.3960609239
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152.56164574841-2.23700110771-0.8650893332033.6517291828-2.01065451467.23416684218-0.3852260655560.4533144747561.08646574722-1.019669032420.986869410173-2.499660784330.862482742011.31794614403-0.5548184313510.853930860757-0.1692270251520.2876201026670.715636333875-0.2231014540421.0010845166817.1929280541-24.184819198936.9463097195
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'P' and (resid 1 through 7 )PA1 - 71 - 7
22chain 'P' and (resid 8 through 12 )PA8 - 128 - 12
33chain 'B' and (resid 1 through 101 )BB1 - 1011 - 106
44chain 'B' and (resid 102 through 128 )BB102 - 128107 - 133
55chain 'B' and (resid 129 through 214 )BB129 - 214134 - 219
66chain 'A' and (resid 3 through 44 )AC3 - 441 - 42
77chain 'A' and (resid 45 through 111 )AC45 - 11143 - 117
88chain 'A' and (resid 112 through 215 )AC112 - 215118 - 221
99chain 'D' and (resid 1 through 69 )DD1 - 691 - 74
1010chain 'D' and (resid 70 through 113 )DD70 - 11375 - 118
1111chain 'D' and (resid 114 through 213 )DD114 - 213119 - 218
1212chain 'C' and (resid 3 through 111 )CE3 - 1111 - 117
1313chain 'C' and (resid 112 through 214 )CE112 - 214118 - 220
1414chain 'R' and (resid 3 through 7 )RF3 - 71 - 5
1515chain 'R' and (resid 8 through 12 )RF8 - 126 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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