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- PDB-7rjj: Crystal Structure of the Peptidoglycan Binding Domain of the Oute... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rjj
タイトルCrystal Structure of the Peptidoglycan Binding Domain of the Outer Membrane Protein (OmpA) from Klebsiella pneumoniae with bound D-alanine
要素OmpA family protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Outer Membrane Protein
機能・相同性Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / membrane / D-ALANINE / OmpA family protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2021年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OmpA family protein
B: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4666
ポリマ－28,2172
非ポリマー2494
水3,189177
1
A: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2333
ポリマ－14,1091
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OmpA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2333
ポリマ－14,1091
非ポリマー1252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.887, 41.887, 267.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 OmpA family protein


分子量: 14108.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: C4Z38_016670, EJ893_12145, I5002_15200, JMY88_11465
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21 Magic / 参照: UniProt: A0A422WJQ0
#2: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 9.4 mg/ml, 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PEG's II (C4), 0.2M Magnesium chloride, 0.1M MES pH 6.5, 10% (w/v) PEG4000; Cryo: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M MES pH 6.5, 25% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月3日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 21507 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.076 / Rsym value: 0.073 / Χ2: 0.837 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.358 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1084 / CC1/2: 0.626 / CC star: 0.878 / Rpim(I) all: 0.439 / Rsym value: 1.358 / Χ2: 0.765 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→28.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 7.379 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 932 4.7 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.2022 19054 93.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.21 Å2 / Biso mean: 22.826 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→28.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1848 0 14 178 2040
Biso mean--28.27 30.68 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131919
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.6542602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3611.594286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4975244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.66320.6100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.14815314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3031520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.022160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0480.02424
LS精密化 シェル解像度: 1.882→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 26 -
Rwork0.274 562 -
all-588 -
obs--37.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9179-0.71090.54964.0068-0.12823.75630.04870.30950.2152-0.6018-0.0071-0.0546-0.2351-0.0345-0.04160.1927-0.00050.02440.06270.0580.0975-3.6928.19-13.835
25.2685-5.1188-1.16349.01342.5471.7181-0.1522-0.1049-0.04080.23420.0570.2839-0.0026-0.22410.09520.12940.03680.0330.07660.03930.1101-7.138.948-1.611
31.776-0.04720.47145.07590.09713.6729-0.02270.07810.086-0.10820.12120.20810.1953-0.4666-0.09840.11180.00170.01150.110.07550.0921-7.8842.585-7.542
43.1624-1.87680.66798.32981.12381.4937-0.1588-0.06560.3305-0.24490.1979-0.3512-0.1697-0.0104-0.03910.15520.03410.04770.02870.03830.1439-2.18313.563-5.835
52.86381.4252-0.85934.0973-0.82283.68570.0704-0.3488-0.29320.5767-0.0211-0.01370.2928-0.119-0.04930.20850.0032-0.02230.06560.05820.1089-4.21-8.55712.53
64.16514.02490.61698.17771.80791.2699-0.07630.0353-0.0204-0.16040.06440.1150.0331-0.18010.01180.1459-0.0404-0.01590.06910.0510.0994-5.621-8.0781.195
71.7280.1886-0.60485.22980.50734.45950.0016-0.099-0.1030.09320.08230.1833-0.1389-0.5156-0.08380.10270.0034-0.01620.11620.0820.1037-8.14-2.9746.049
83.07231.8726-0.56488.99291.10981.4018-0.18350.0965-0.35180.18980.2565-0.39170.1223-0.0129-0.07310.1419-0.0361-0.04220.03910.03850.1418-2.166-13.5574.547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A428 - 464
2X-RAY DIFFRACTION2A465 - 487
3X-RAY DIFFRACTION3A488 - 518
4X-RAY DIFFRACTION4A519 - 547
5X-RAY DIFFRACTION5B428 - 463
6X-RAY DIFFRACTION6B464 - 486
7X-RAY DIFFRACTION7B487 - 518
8X-RAY DIFFRACTION8B519 - 547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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