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万見
- PDB-3lh4: Crystal Structure of Sialostatin L2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lh4
タイトルCrystal Structure of Sialostatin L2
要素Secreted cystatin
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / beta sheet / cystatin / Protease inhibitor / Thiol protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / vesicle / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Salivary cystatin-L2
類似検索 - 構成要素
生物種Ixodes scapularis (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Kotsyfakis, M. / Salat, J. / Horka, H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: The crystal structures of two salivary cystatins from the tick Ixodes scapularis and the effect of these inhibitors on the establishment of Borrelia burgdorferi infection in a murine model.
著者: Kotsyfakis, M. / Horka, H. / Salat, J. / Andersen, J.F.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted cystatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9633
ポリマ－12,7751
非ポリマー1882
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.451, 95.451, 95.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Secreted cystatin


分子量: 12775.076 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes scapularis (ダニ) / 遺伝子: IscW_ISCW018602 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: B7PKZ1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.48 Å / Num. all: 13472 / Num. obs: 13472 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 29.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 28 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 26.6 / Num. unique all: 1318 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.357 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19602 665 4.9 %RANDOM
Rwork0.17279 ---
all0.17391 13472 --
obs0.17391 12807 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数893 0 11 106 1010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9481256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3075116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.96924.88945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76315154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.861156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.5574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4332925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3543350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0664.5330
LS精密化 シェル解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 54 -
Rwork0.172 939 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.2884 Å / Origin y: 24.2288 Å / Origin z: -1.2176 Å
111213212223313233
T0.0162 Å20.008 Å2-0.011 Å2-0.0573 Å20.0022 Å2--0.0465 Å2
L1.514 °2-1.2849 °20.491 °2-3.5508 °2-0.6845 °2--0.9937 °2
S-0.0298 Å °-0.0121 Å °-0.1487 Å °0.0289 Å °0.0861 Å °0.224 Å °0.0265 Å °-0.1601 Å °-0.0563 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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