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- PDB-6wn5: 1.52 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transcriptional Reg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wn5
タイトル1.52 Angstrom Resolution Crystal Structure of Transcriptional Regulator HdfR from Klebsiella pneumoniae
要素Transcriptional regulator HdfR
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Transcriptional Regulator HdfR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, HdfR / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator HdfR / HTH-type transcriptional regulator HdfR
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2023
タイトル: A Structural Systems Biology Approach to High-Risk CG23 Klebsiella pneumoniae.
著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / ...著者: Inniss, N.L. / Kochan, T.J. / Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Chang, C. / Tan, K. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Pshenychnyi, S. / Wu, R. / Dubrovska, I. / Babnigg, G. / Endres, M. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2020年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator HdfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8094
ポリマ－26,7031
非ポリマー1063
水3,027168
1
A: Transcriptional regulator HdfR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator HdfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6188
ポリマ－53,4052
非ポリマー2136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.389, 62.389, 103.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CL

21A-457-

HOH

31A-513-

HOH

41A-520-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator HdfR


分子量: 26702.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: hdfR, B6R99_21715 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): (DE)magic / 参照: UniProt: A0A657RSZ5, UniProt: W1HWH8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 7.8 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen (PACT, E10): 0.2 M Sodium/Potassium phosphate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日 / 詳細: Be
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→30 Å / Num. obs: 32133 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.466 / Net I/σ(I): 44.4
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1569 / CC1/2: 0.91 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.263 / Rrim(I) all: 0.827 / Rsym value: 0.783 / Χ2: 0.999 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.52→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.973 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.077
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2049 1656 5.2 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.1833 30411 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.3 Å2 / Biso mean: 26.801 Å2 / Biso min: 8.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1399 0 3 193 1595
Biso mean--37.04 35.1 -
残基数----174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.6362252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4051.5693427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3415212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.97123.07791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.81315273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0511510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0550.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.050.02349
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.559 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 131 -
Rwork0.241 2183 -
all-2314 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1939-0.59310.39013.81880.51261.402-0.177-0.23730.13270.2360.0276-0.097-0.06910.02440.14940.07530.0258-0.05240.0373-0.01660.048418.850223.026110.0391
23.0173-0.37971.16420.81250.4662.5036-0.3151-0.16560.42290.21390.0685-0.2096-0.31760.10360.24660.14760.001-0.12030.0281-0.02320.137923.31328.636511.7066
30.93840.4650.60543.93872.11872.7149-0.1568-0.06220.05370.41990.11510.03590.2540.07660.04170.11070.0322-0.02860.0563-0.0040.050727.500410.964811.7762
42.6775-0.63240.02592.92030.56532.3814-0.0150.23550.10810.20240.0574-0.20230.08910.0105-0.04240.01570.0039-0.01270.0477-0.00420.017628.87137.403-1.8557
55.6732-0.8354-0.88232.46991.96332.436-0.0582-0.04260.03110.2852-0.01290.17650.2805-0.25690.07110.0844-0.01540.00060.07190.01630.024721.12462.97886.1772
60.69210.28180.7196.34851.76661.4043-0.2176-0.05930.1690.21320.2408-0.3594-0.030.1321-0.02320.14090.0692-0.11360.088-0.06740.102529.302719.54415.9629
71.9975-0.0566-0.52168.62121.07430.8288-0.096-0.5340.18530.3944-0.19350.31820.07530.14550.28950.23350.0549-0.03070.1853-0.05010.190518.701727.319621.6223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 63
2X-RAY DIFFRACTION2A64 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3A107 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4A129 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5A179 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6A197 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7A215 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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