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- PDB-7lek: Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lek
タイトルCrystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRDT bound to ERK5-IN-1
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードGENE REGULATION / BRDT / BET / PLK1 / testis specific / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / RNA splicing / : / histone reader activity / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / regulation of RNA splicing / male meiosis I / RNA splicing / : / histone reader activity / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VYJ / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Chan, A. / Karim, M.R. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Differential BET Bromodomain Inhibition by Dihydropteridinone and Pyrimidodiazepinone Kinase Inhibitors.
著者: Karim, R.M. / Bikowitz, M.J. / Chan, A. / Zhu, J.Y. / Grassie, D. / Becker, A. / Berndt, N. / Gunawan, S. / Lawrence, N.J. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
C: Bromodomain testis-specific protein
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,47210
ポリマ－54,8194
非ポリマー2,6536
水1,00956
1
A: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3442
ポリマ－13,7051
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3793
ポリマ－13,7051
非ポリマー6742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4063
ポリマ－13,7051
非ポリマー7012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3442
ポリマ－13,7051
非ポリマー6391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.610, 99.320, 60.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-402-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...
21(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...
31(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...
41(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A267
121(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A269 - 270
131(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A272 - 273
141(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A2
151(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A0
161(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A323
171(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A266 - 377
181(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A266 - 377
191(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A266 - 377
1101(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A266 - 377
1111(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A266 - 377
1121(chain A and (resid 267 or resid 269 through 270...A266 - 377
211(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B267
221(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B269 - 270
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241(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B2
251(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B0
261(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B323
271(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B263 - 378
281(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B263 - 378
291(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B263 - 378
2101(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B263 - 378
2111(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B263 - 378
2121(chain B and (resid 267 or resid 269 through 270...B263 - 378
311(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C267
321(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C269 - 270
331(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C272 - 273
341(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C267 - 378
351(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C279 - 285
361(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C288 - 313
371(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C315 - 322
381(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C323
391(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C267 - 378
3101(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C267 - 378
3111(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C267 - 378
3121(chain C and (resid 267 or resid 269 through 270...C267 - 378
411(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D267
421(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D269 - 270
431(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D272 - 273
441(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D2
451(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D0
461(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D333 - 335
471(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378
481(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378
491(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378
4101(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378
4111(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378
4121(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378
4131(chain D and (resid 267 or resid 269 through 270...D265 - 378

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 13704.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物
ChemComp-VYJ / 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one


分子量: 638.802 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H46N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 3.5 M Sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→52.481 Å / Num. obs: 16151 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.743 % / Biso Wilson estimate: 44.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 10.62 / Num. measured all: 60455 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.75-2.823.7590.5282.5611750.8150.617100
2.82-2.93.760.462.9211680.8450.53799.7
2.9-2.983.7620.413.3411410.8660.47999.4
2.98-3.073.7680.3284.1410740.9160.38399.6
3.07-3.183.7950.2824.7410560.9250.328100
3.18-3.293.7750.2116.2710130.9590.246100
3.29-3.413.7880.1687.8910150.9740.19699
3.41-3.553.7820.1399.49710.9820.16299.5
3.55-3.713.7560.10412.319040.9870.122100
3.71-3.893.7350.08514.038730.9920.099100
3.89-4.13.7430.08713.978370.9920.10299.6
4.1-4.353.690.06817.277990.9940.0899.5
4.35-4.653.6620.06517.937480.9950.07699.2
4.65-5.023.7670.06517.686900.9960.07699.9
5.02-5.53.7170.06617.476300.9940.077100
5.5-6.153.7610.07315.815860.9940.08599.7
6.15-7.13.730.06318.035080.9940.07499.8
7.1-8.73.7110.04424.044390.9970.05299.5
8.7-12.33.6390.03328.023410.9990.03899.4
12.3-52.4813.1260.03323.721830.9990.03993.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4085精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VBQ

3vbq


解像度: 2.75→52.48 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 808 5 %
Rwork0.2133 15337 -
obs0.2159 16145 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.4 Å2 / Biso mean: 49.9431 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→52.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 193 56 3997
Biso mean--41.71 35.29 -
残基数----454
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1108X-RAY DIFFRACTION6.931TORSIONAL
12B1108X-RAY DIFFRACTION6.931TORSIONAL
13C1108X-RAY DIFFRACTION6.931TORSIONAL
14D1108X-RAY DIFFRACTION6.931TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.920.43041330.317125312664100
2.92-3.150.36671340.278125492683100
3.15-3.460.30311340.240725372671100
3.46-3.960.23961350.19625712706100
3.97-50.23571350.173325542689100
5-52.480.20831370.19272595273299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.4422-1.36370.2339.8007-1.56585.5242-0.1776-0.46650.13280.69230.34891.1258-1.1645-0.7165-0.16670.49040.02750.10360.3717-0.0730.5468-5.3771-3.239117.4213
25.4422-0.99340.02575.8939-0.06414.4096-0.3267-0.2922-1.15940.27070.1885-0.1253-0.05690.0805-0.15610.32110.0511-0.09010.307-0.02370.26116.2485-19.437616.0745
37.74162.92680.10815.8095-5.03835.7328-0.11621.8843-1.1987-0.85610.1295-1.3650.53370.71260.24620.222-0.03260.12950.6567-0.20280.692620.075-21.00243.7857
45.3586-1.7845-2.12565.55822.03983.2773-0.0615-0.43960.890.36220.3457-0.4372-0.27990.3652-0.53710.4266-0.0793-0.0310.2944-0.03720.43478.3419-6.25349.2206
55.3449-1.0106-2.21634.33541.70443.23390.0786-0.3122-0.0542-0.08730.01350.0216-0.13040.03980.06510.3546-0.0257-0.0420.2602-0.00130.2011-0.5317-15.71036.6628
67.4339-6.57585.15268.3909-6.68376.5685-0.3704-0.31380.09830.2570.60020.2779-0.1425-0.4027-0.02730.37710.00090.02590.4598-0.02460.2447-5.5284-20.835238.9309
76.9365-3.16890.54016.91680.80683.16910.3053-1.0899-0.40380.72760.21630.29480.6735-0.2198-0.42990.51620.0513-0.05160.37380.09380.26044.771-38.070244.6759
85.07963.5968-0.85395.9351-6.06818.955-0.56670.07770.21460.135-0.7678-2.1716-0.02262.271.25160.39750.0477-0.13290.51970.040.783423.4254-39.281443.5369
96.145-2.93391.68763.69290.18532.55160.124-0.23280.1020.2947-0.0657-0.37730.00880.0804-0.03520.3525-0.0281-0.03220.38920.0710.30786.978-30.655336.0036
104.3392-0.76260.0354.5204-0.17473.6359-0.1638-0.70150.01830.23250.3068-1.6233-0.1040.66010.01230.4074-0.076-0.13970.4667-0.00930.79236.3615-11.949215.7697
117.40323.3113-4.34836.07481.70635.4596-0.48462.29071.1685-2.1738-0.00421.3043-0.8344-1.28730.0680.44970.0371-0.2090.53990.09710.485816.0229-1.94774.1223
125.7395-1.880.76197.5113-2.36645.3207-0.01110.1429-0.4866-0.35410.0223-1.35830.12570.35110.02880.4876-0.11640.04380.3376-0.06860.649633.7218-10.8416.5875
132.22493.0189-1.95997.0616-1.35652.21220.1883-0.0701-0.6556-0.66810.0850.66940.3208-0.2513-0.33420.5576-0.1005-0.20220.45980.12510.61593.6183-42.464714.4336
143.61580.963-0.40935.032-1.90464.72640.1381-0.1435-0.6484-0.23740.27180.48820.656-0.2301-0.35470.3825-0.0239-0.13190.34060.10710.51097.3956-42.585420.7301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 266 through 284 )A266 - 284
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 285 through 300 )A285 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 308 )A301 - 308
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 309 through 333 )A309 - 333
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 334 through 377 )A334 - 377
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 263 through 284 )B263 - 284
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 285 through 300 )B285 - 300
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 301 through 308 )B301 - 308
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 309 through 378 )B309 - 378
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 267 through 300 )C267 - 300
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 301 through 308 )C301 - 308
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 309 through 378 )C309 - 378
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 265 through 308 )D265 - 308
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 309 through 378 )D309 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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