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- PDB-5lpk: Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lpk
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the inhibitor XDM1
要素Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / protein-inhibitor complex / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / thigmotaxis / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / protein N-acetyltransferase activity / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / TGFBR3 expression / positive regulation by host of viral transcription / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / face morphogenesis / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / STAT family protein binding / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / protein acetylation / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / PI5P Regulates TP53 Acetylation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / fat cell differentiation / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / RUNX3 regulates p14-ARF / histone acetyltransferase complex / canonical NF-kappaB signal transduction / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / NF-kappaB binding / negative regulation of gluconeogenesis / cellular response to nutrient levels / somitogenesis / negative regulation of protein-containing complex assembly / pre-mRNA intronic binding / Attenuation phase / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / skeletal muscle tissue development / regulation of cellular response to heat
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XDM / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Huegle, M. / Wohlwend, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationWO2012/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Beyond the BET Family: Targeting CBP/p300 with 4-Acyl Pyrroles.
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Ostrovskyi, D. / Regenass, P. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Hau, M. / Jung, M. / Breit, B. / Gunther, S. / Wohlwend, D.
履歴
登録2016年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Histone acetyltransferase p300
C: Histone acetyltransferase p300
D: Histone acetyltransferase p300
E: Histone acetyltransferase p300
F: Histone acetyltransferase p300
G: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,14139
ポリマ－101,0567
非ポリマー4,08532
水8,701483
1
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2589
ポリマ－14,4371
非ポリマー8218
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3229
ポリマ－14,4371
非ポリマー8858
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9134
ポリマ－14,4371
非ポリマー4773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9425
ポリマ－14,4371
非ポリマー5054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2325
ポリマ－14,4371
非ポリマー7964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9765
ポリマ－14,4371
非ポリマー5394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4992
ポリマ－14,4371
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.600, 61.040, 135.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300


分子量: 14436.515 Da / 分子数: 7 / 断片: bromodomain, UNP residues 1040-1161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 515分子

#2: 化合物
ChemComp-XDM / ~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide / XDM1


分子量: 318.798 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN2O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.59 % / Mosaicity: 0.71 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→41.52 Å / Num. obs: 104124 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.813.92.9861961650940.1681.6823.4470.499.8
9.74-41.524.90.03633236820.9990.0170.0428.998.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å41.52 Å
Translation2.1 Å41.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo-p300 (pdb 3I3J)

3i3j


解像度: 2.1→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.891 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 3107 4.9 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.1778 60323 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.75 Å2 / Biso mean: 41.958 Å2 / Biso min: 19.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å20.96 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6722 0 268 483 7473
Biso mean--41.57 41.99 -
残基数----799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.027206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3012.0099744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.783315709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.045800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.42324.504353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.577151251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8771545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8892.1193209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8892.1193208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4023.1674006
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 223 -
Rwork0.243 4418 -
all-4641 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69410.0123-0.04093.6928-1.10183.93840.1799-0.0974-0.12250.1461-0.12470.13090.14360.122-0.05530.056-0.03630.00860.1362-0.04430.0258144.2521-72.8537154.3665
22.07371.0094-0.50981.7517-0.62333.24750.0367-0.02990.11790.02420.01680.0802-0.0240.069-0.05350.0157-0.02620.01540.0479-0.02420.0187141.7192-69.5084147.335
36.48812.8142-1.21287.1162-1.77464.1745-0.029-0.0814-0.50910.0455-0.1086-0.28280.37510.1010.13760.14080.0373-0.02610.1623-0.01310.1402147.8796-82.5927147.5919
48.10631.01934.10676.5574-1.56668.3493-0.019-0.37820.23230.7316-0.2106-0.3925-0.19990.71980.22960.28940.0877-0.01090.39860.0350.2986178.0128-64.0933149.5109
52.159-0.79140.9372.0001-1.36383.94320.0557-0.05320.09640.013-0.1369-0.2807-0.06160.30950.08130.0088-0.01410.00620.08930.01690.0527164.5022-52.6028138.1121
61.92460.4078-1.05856.049-4.76827.27150.0001-0.0784-0.44890.2485-0.2612-0.17530.6240.16950.2610.34450.0482-0.05130.21980.01460.2941166.6103-69.0767141.1139
72.4558-1.7809-0.88096.88652.71353.56260.11520.13720.18570.0703-0.21580.7365-0.6006-0.6460.10060.23390.05090.02350.28830.04120.2467146.0026-48.3644166.5107
81.0386-0.3122-0.51763.02572.01123.15430.0777-0.2141-0.02230.1903-0.12110.20210.1566-0.08940.04330.0347-0.0693-0.00150.18120.03540.0606151.8056-59.4586171.7077
96.1435-2.0108-2.9176.17463.42235.28350.0498-0.04940.1252-0.10260.1033-0.2301-0.20760.4111-0.15310.026-0.064-0.00590.1620.02360.0208162.0238-56.1054161.6696
1010.8398-3.3436-0.138311.71610.82836.80980.1213-0.58170.68220.3406-0.02820.042-0.30160.0212-0.09310.3484-0.02410.03510.2499-0.0420.3719153.0564-39.4137170.4557
113.49580.336-1.17771.88981.0013.78070.1793-0.24730.08340.084-0.0946-0.06190.13230.028-0.08470.1189-0.12260.02440.23080.0110.0266136.0392-69.5888180.2478
124.7458-1.5464-4.542310.23671.39244.3497-0.1530.0012-0.15730.4189-0.00550.12440.12850.00990.15850.2732-0.0092-0.0230.2370.00470.2686136.1959-83.021185.8637
1312.0769-10.2249-8.781214.08233.57659.840.1347-0.7283-0.3232-0.27910.150.25540.41720.7638-0.28470.5279-0.0313-0.08450.4020.09440.5643144.5556-85.824182.8462
149.0718-3.18225.63845.38130.05444.5011-0.5366-0.04590.9973-0.4101-0.0005-0.8983-0.7267-0.10540.53720.7519-0.0062-0.13020.4655-0.14440.7055181.4457-25.2668197.5804
1510.46483.61274.98734.73613.587610.646-0.4166-0.10040.47160.05020.00670.3236-0.3908-0.15960.40980.21580.00190.04610.18990.00630.1511169.149-33.2077191.3254
163.07111.13440.90382.01310.58414.14530.09680.0221-0.34290.02540.11350.07070.2363-0.1539-0.21020.0791-0.07190.02890.2316-0.01680.1056171.0239-49.7537187.2306
172.97151.8313.41833.70213.32476.3907-0.1370.18380.0337-0.16180.27550.1227-0.42280.0971-0.13850.107-0.11060.05980.2824-0.01780.0563173.7165-43.2829180.311
188.80116.25381.84359.8673.93672.7303-0.06070.13980.6333-0.3084-0.0137-0.1869-0.58920.27510.07450.4031-0.0440.01540.34940.04570.3755172.8144-29.2997181.6678
1910.086-0.38021.61120.76752.864511.7494-0.06410.10750.402-0.02940.04390.022-0.0750.30970.02020.3730.0174-0.02540.2473-0.01420.4179128.9474-47.0598143.9606
201.6055-1.76920.85353.4622-0.4743.84950.1313-0.1660.44740.024-0.2251-0.3869-0.45-0.19690.09380.1351-0.04890.10120.2368-0.01930.2269125.8712-60.1064163.7257
213.68851.8012-0.76655.0607-1.44992.0060.11970.25650.1709-0.30920.03420.0774-0.0522-0.3784-0.15390.1092-0.01520.06630.2205-0.0120.0757123.3887-64.6335156.0199
221.60442.5828-0.46627.6123-3.43894.53570.1097-0.07010.49050.1540.13720.6504-0.5218-0.6943-0.24690.15280.04010.11520.3287-0.01820.2314113.9292-60.7661165.2086
230.8341-2.15012.08165.6519-5.39655.20450.1035-0.012-0.1302-0.47210.23950.41870.2966-0.1037-0.3430.8299-0.13270.01980.60080.13090.6322116.7466-46.6182150.3549
242.36890.21830.13724.8571-0.86844.0846-0.0777-0.2336-0.49730.43220.13-0.47450.4718-0.1878-0.05240.16160.01050.00240.32890.02810.2781160.2565-58.9567200.5083
252.3847-1.58281.83976.0664-2.57164.507-0.1152-0.3032-0.14730.53810.2518-0.0086-0.066-0.527-0.13660.13740.05150.06650.34030.04560.12154.8759-51.8976204.0877
261.2755-0.50780.71287.8643-3.56916.1720.0694-0.1571-0.53820.35880.17710.37010.5121-0.4748-0.24650.1417-0.06680.02650.37390.05350.3187149.71-59.7121195.2813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1046 - 1088
2X-RAY DIFFRACTION2A1089 - 1143
3X-RAY DIFFRACTION3A1144 - 1161
4X-RAY DIFFRACTION4B1049 - 1059
5X-RAY DIFFRACTION5B1060 - 1146
6X-RAY DIFFRACTION6B1147 - 1160
7X-RAY DIFFRACTION7C1048 - 1077
8X-RAY DIFFRACTION8C1078 - 1132
9X-RAY DIFFRACTION9C1133 - 1149
10X-RAY DIFFRACTION10C1150 - 1161
11X-RAY DIFFRACTION11D1047 - 1149
12X-RAY DIFFRACTION12D1150 - 1155
13X-RAY DIFFRACTION13D1156 - 1161
14X-RAY DIFFRACTION14E1047 - 1052
15X-RAY DIFFRACTION15E1053 - 1068
16X-RAY DIFFRACTION16E1069 - 1109
17X-RAY DIFFRACTION17E1110 - 1146
18X-RAY DIFFRACTION18E1147 - 1159
19X-RAY DIFFRACTION19F1047 - 1051
20X-RAY DIFFRACTION20F1052 - 1087
21X-RAY DIFFRACTION21F1088 - 1133
22X-RAY DIFFRACTION22F1134 - 1155
23X-RAY DIFFRACTION23F1156 - 1161
24X-RAY DIFFRACTION24G1047 - 1085
25X-RAY DIFFRACTION25G1086 - 1133
26X-RAY DIFFRACTION26G1134 - 1160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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