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- PDB-5lpk: Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lpk | ||||||
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Title | Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the inhibitor XDM1 | ||||||
![]() | Histone acetyltransferase p300 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / bromodomain / protein-inhibitor complex / epigenetics | ||||||
Function / homology | ![]() behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / NGF-stimulated transcription / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Polo-like kinase mediated events / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / megakaryocyte development / protein-lysine-acetyltransferase activity / nuclear androgen receptor binding / acyltransferase activity / STAT family protein binding / protein acetylation / histone H3K122 acetyltransferase activity / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / PI5P Regulates TP53 Acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / fat cell differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Zygotic genome activation (ZGA) / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase complex / RUNX3 regulates p14-ARF / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / canonical NF-kappaB signal transduction / NF-kappaB binding / negative regulation of gluconeogenesis / pre-mRNA intronic binding / Attenuation phase / somitogenesis / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to nutrient levels / skeletal muscle tissue development / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / : / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / positive regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of autophagy / B cell differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / SUMOylation of transcription cofactors / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huegle, M. / Wohlwend, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Beyond the BET Family: Targeting CBP/p300 with 4-Acyl Pyrroles. Authors: Hugle, M. / Lucas, X. / Ostrovskyi, D. / Regenass, P. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Hau, M. / Jung, M. / Breit, B. / Gunther, S. / Wohlwend, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 303.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 38.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5lpjC ![]() 5lplC ![]() 5lpmC ![]() 5nrwC ![]() 5nu3C ![]() 5nu5C ![]() 3i3jS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 1 types, 7 molecules ABCDEFG
#1: Protein | Mass: 14436.515 Da / Num. of mol.: 7 / Fragment: bromodomain, UNP residues 1040-1161 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 515 molecules 








#2: Chemical | ChemComp-XDM / ~{ #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-PG4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.59 % / Mosaicity: 0.71 ° |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / pH: 6.5 / Details: PEG 3350, NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→41.52 Å / Num. obs: 104124 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: apo-p300 (pdb 3I3J) Resolution: 2.1→41.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.891 / SU ML: 0.125 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.153 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 111.75 Å2 / Biso mean: 41.958 Å2 / Biso min: 19.23 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→41.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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