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- PDB-7kx4: Anti-CCHFV ADI-36121 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kx4
タイトルAnti-CCHFV ADI-36121 Fab
要素
  • ADI-36121 Fab heavy chain
  • ADI-36121 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mishra, A.K. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142777 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of synergistic neutralization of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus by human antibodies.
著者: Mishra, A.K. / Hellert, J. / Freitas, N. / Guardado-Calvo, P. / Haouz, A. / Fels, J.M. / Maurer, D.P. / Abelson, D.M. / Bornholdt, Z.A. / Walker, L.M. / Chandran, K. / Cosset, F.L. / McLellan, J.S. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ADI-36121 Fab light chain
B: ADI-36121 Fab heavy chain
C: ADI-36121 Fab light chain
D: ADI-36121 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1614
ポリマ－96,1614
非ポリマー00
水5,729318
1
A: ADI-36121 Fab light chain
D: ADI-36121 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0812
ポリマ－48,0812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
B: ADI-36121 Fab heavy chain
C: ADI-36121 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0812
ポリマ－48,0812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.190, 76.640, 208.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 99 or resid 101...
21(chain C and (resid 1 through 99 or resid 101...
12(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...
22(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPGLYGLY(chain A and (resid 1 through 99 or resid 101...AA1 - 991 - 99
121GLYGLYVALVAL(chain A and (resid 1 through 99 or resid 101...AA101 - 104101 - 104
131ILEILEHISHIS(chain A and (resid 1 through 99 or resid 101...AA106 - 189106 - 189
141VALVALGLUGLU(chain A and (resid 1 through 99 or resid 101...AA191 - 213191 - 213
211ASPASPGLYGLY(chain C and (resid 1 through 99 or resid 101...CC1 - 991 - 99
221GLYGLYVALVAL(chain C and (resid 1 through 99 or resid 101...CC101 - 104101 - 104
231ILEILEHISHIS(chain C and (resid 1 through 99 or resid 101...CC106 - 189106 - 189
241VALVALGLUGLU(chain C and (resid 1 through 99 or resid 101...CC191 - 213191 - 213
112GLUGLULEULEU(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB1 - 181 - 18
122LEULEUGLYGLY(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB20 - 4220 - 42
132GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB44 - 5744 - 57
142TYRTYRHISHIS(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB59 - 20059 - 205
152PROPROTHRTHR(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB202 - 205207 - 210
162VALVALLYSLYS(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB207 - 209212 - 214
172VALVALPROPRO(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB211 - 213216 - 218
182SERSERSERSER(chain B and (resid 1 through 18 or resid 20...BB215220
212GLUGLULEULEU(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD1 - 181 - 18
222LEULEUGLYGLY(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD20 - 4220 - 42
232GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD44 - 5744 - 57
242GLUGLUSERSER(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD1 - 2151 - 220
252GLUGLUSERSER(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD1 - 2151 - 220
262VALVALLYSLYS(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD207 - 209212 - 214
272SERSERSERSER(chain D and (resid 1 through 18 or resid 20...DD215220

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 ADI-36121 Fab light chain


分子量: 23416.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ADI-36121 Fab heavy chain


分子量: 24663.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M CaCl2, 0.1 M KNa Tartrate, 25% PEG 4000, 4% isopropanol, 0.1 M Bis-Tris-HCl pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→51.5 Å / Num. obs: 29766 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.99 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 29695 / CC1/2: 0.736

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.19_4080精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I19, 1HEZ

5i19

1hez


解像度: 2.6→51.49 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 1476 4.97 %
Rwork0.1979 28220 -
obs0.2 29696 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.61 Å2 / Biso mean: 36.5091 Å2 / Biso min: 16.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→51.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6524 0 0 318 6842
Biso mean---30.37 -
残基数----856
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1250X-RAY DIFFRACTION1.385TORSIONAL
12C1250X-RAY DIFFRACTION1.385TORSIONAL
21B1204X-RAY DIFFRACTION1.385TORSIONAL
22D1204X-RAY DIFFRACTION1.385TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.680.32211480.264325112659
2.68-2.780.32551230.26225442667
2.78-2.890.31471060.256125302636
2.89-3.020.28661280.24125392667
3.02-3.180.26271180.215925522670
3.18-3.380.24061230.20625252648
3.38-3.640.24241680.19625492717
3.64-40.23141340.18425502684
4-4.580.20051370.15525792716
4.58-5.770.18551450.153225982743
5.77-51.490.21611460.195327432889
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37480.4429-1.75251.77030.26255.5159-0.7962-0.4166-0.01510.94480.4884-0.48560.60750.05130.09270.85420.4487-0.07340.7636-0.07080.3125-15.630224.9243-4.8754
20.01870.8553-0.0171.8019-0.49372.42460.02490.0771-0.003-0.113-0.0349-0.27850.65030.05760.01820.17250.0130.04750.19-0.04430.2551.33913.8501-55.0874
32.27350.3461-1.19471.4545-0.20424.30530.1354-0.11480.15190.14110.0603-0.2879-0.15410.4099-0.14930.1295-0.0059-0.03690.1051-0.01450.26935.558322.4947-51.7978
41.4628-0.349-1.07181.5811-1.48922.9422-0.0392-0.35670.0680.07340.0369-0.2467-0.71170.79990.04940.1846-0.0765-0.10060.2168-0.00150.24497.864215.7402-46.967
52.48960.81271.08273.6679-1.46966.5062-0.17160.12950.2028-0.40160.39120.15270.0332-0.5955-0.15220.1176-0.00330.01920.12680.02260.2235-5.627623.3641-56.0683
60.42080.3107-0.61843.69870.40242.25030.0183-0.3653-0.2161.966-0.8107-0.66821.0686-0.3109-0.2947-0.58610.3065-0.1480.05470.08520.31721.6385.5255-36.8688
74.81340.0660.38062.98370.01773.9554-0.0551-0.2962-0.38770.52440.04430.55030.0598-0.39050.01750.31090.02970.10340.1876-0.00060.24-19.1151-2.6661-29.558
85.03490.08480.40711.4773-0.45530.6703-0.47861.66580.8388-0.12230.27930.5035-0.18650.13060.02850.1760.0655-0.02320.2124-0.00670.3148-17.27712.3869-39.689
95.6553-0.32540.5823.0934-0.16644.56440.1257-0.2412-0.12130.2442-0.10580.41510.154-0.3301-0.1050.26570.04420.07910.1567-0.00560.2621-17.2578-0.0897-34.3091
109.0614-0.5822-2.83511.32862.03573.6657-0.6747-0.0837-1.03560.708-0.1398-0.47510.9333-0.39140.52150.4190.05260.06080.2582-0.04850.4361-17.5548-9.382-34.8962
114.28970.6425-2.6342.1325-1.29743.4582-0.1609-0.05450.0069-0.03610.0766-0.02490.0174-0.08560.02260.13350.0344-0.03640.1038-0.05660.1532-15.77230.8054-46.0961
123.9655-1.67441.42314.5516-1.4872.5679-0.05-0.39510.15510.62290.06110.048-0.0320.2245-0.07750.40660.06920.12770.3268-0.05460.2674-21.48475.2255-20.5299
133.8962-2.0728-0.60672.8407-1.53274.6024-0.1472-0.64170.08740.39270.24640.3936-0.1110.0468-0.15090.25120.0440.06020.34040.04740.2087-46.067949.4122-20.7832
141.9267-0.4506-0.59753.6657-0.10933.9469-0.43120.1298-0.51071.10930.5619-0.6085-0.3635-0.0407-0.030.78410.3512-0.12560.7052-0.17570.3595-20.698534.82851.8737
154.6194-0.4023-3.80893.1073-0.87134.1362-0.1281-0.38230.40980.720.4182-0.3833-0.7089-0.4707-0.26730.88610.389-0.09080.7568-0.10570.362-23.427640.6452-0.6204
164.9984-1.7797-1.07893.30730.08882.2533-0.09040.08180.1744-0.16420.122-0.1435-0.0327-0.1451-0.02730.20680.02010.04950.11470.03120.1123-29.608845.4486-34.741
170.6968-1.2262-0.01572.2947-0.60195.5656-0.5799-0.3677-0.18680.33410.4036-0.14051.50480.03170.10230.63270.2883-0.10260.5714-0.06690.3599-17.954526.8623-8.1161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 164 through 213 )C164 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 1 through 33 )D1 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 34 through 75 )D34 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 76 through 87 )D76 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 88 through 106 )D88 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 107 through 119 )D107 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 120 through 145 )D120 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 146 through 165 )D146 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 166 through 203 )D166 - 203
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 204 through 215 )D204 - 215
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1 through 113 )A1 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 114 through 213 )A114 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 119 )B1 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 120 through 145 )B120 - 145
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 146 through 215 )B146 - 215
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 101 )C1 - 101
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 102 through 163 )C102 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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