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- PDB-7a59: Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Envelope Glycoprotein Gc W1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a59
タイトルCrimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Envelope Glycoprotein Gc W1191H/W1197A/W1199A Mutant in Postfusion Conformation (Orthorhombic Crystal Form)
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus Entry / Class II Membrane Fusion Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Hellert, J. / Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-62-IBEID
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of synergistic neutralization of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus by human antibodies.
著者: Mishra, A.K. / Hellert, J. / Freitas, N. / Guardado-Calvo, P. / Haouz, A. / Fels, J.M. / Maurer, D.P. / Abelson, D.M. / Bornholdt, Z.A. / Walker, L.M. / Chandran, K. / Cosset, F.L. / McLellan, J.S. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
B: Envelopment polyprotein
C: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,25713
ポリマ－179,6123
非ポリマー1,64510
水13,133729
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20920 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area54930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.961, 216.083, 274.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1710-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 59870.797 Da / 分子数: 3 / 変異: W1191H, W1197A, W1199A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200 (ウイルス)
株: Nigeria/IbAr10200/1970 / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8JSZ3

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 736分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.75 uL of 12 mg/mL protein in 20 mM Tris-Cl pH 8.0 and 150 mM NaCl were added to 0.50 uL of reservoir solution containing 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M MgCl2 and 30% (v/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.044 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日 / 詳細: Silicon toroidal mirror coated with Rhodium
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→49.37 Å / Num. obs: 105875 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 51.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.197-2.237.21.16749750.6740.4591.25695.8
12.03-49.376.70.0327320.9990.0130.03598.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.197→48.91 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1942 1997 1.8874 %
Rwork0.1609 200086 -
obs-105807 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.39 Å2 / Biso mean: 72.77 Å2 / Biso min: 29.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.197→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11761 0 99 729 12589
Biso mean--126.36 62.37 -
残基数----1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82716524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8617364
LS精密化 シェル解像度: 2.197→2.276 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3247 194 -
Rwork0.2926 10059 -
obs--97.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1166-2.1112-6.58410.79482.43277.4772-0.8251-0.0005-0.3411.0805-0.15791.69460.1861-1.25470.32130.86580.00650.16071.8554-0.92131.6346-34.5988-19.465235.8224
22.2277-0.88570.52640.4643-0.18952.5577-0.0985-0.52850.05230.9245-0.16840.2655-0.0659-0.28280.31830.9993-0.02280.15720.7827-0.12440.4128-18.6245-22.925251.4851
31.32560.0350.05052.13750.37191.2736-0.0355-0.05270.0601-0.0497-0.05440.45820.0361-0.27580.08530.289-0.00470.03430.4373-0.05810.5375-29.9491-31.81910.2799
42.5790.8720.75492.4711.24485.3757-0.22510.4576-0.0406-0.69830.20060.4095-0.1382-0.13440.01710.6063-0.069-0.17270.53020.0040.545-33.2548-38.7337-21.8241
51.82360.0692-0.68293.17140.77583.99930.0564-0.3718-0.20590.846-0.14430.22670.4429-0.2780.14680.6888-0.05130.17110.57860.07470.4682-19.4412-49.420836.8464
63.7581-0.7809-1.57010.40950.36360.80550.5802-0.0702-1.87940.3496-1.344-0.13710.69420.64440.71891.43740.08820.08141.15670.21431.13970.5405-49.225934.1054
73.00010.43550.75781.87830.36396.0770.0068-0.4115-0.10640.81560.0577-0.25320.40130.2309-0.05810.86210.0285-0.16650.61040.04230.40242.7618-32.946348.6742
81.21310.0832-0.01241.9645-0.26340.8025-0.06720.0354-0.195-0.12340.012-0.07030.20350.12530.04270.35170.03340.03860.4144-0.02130.4403-3.8228-42.90977.1987
92.4130.11361.33791.6280.17764.5156-0.0290.8869-0.3682-0.94010.04250.15050.35840.2435-0.03140.9393-0.0162-0.02460.7363-0.13470.5299-13.0519-46.0135-24.6198
103.46690.27610.97962.1256-0.48734.68840.0749-0.4079-0.04240.35620.0108-0.6479-0.09380.6554-0.080.4639-0.0145-0.15910.7004-0.01850.772916.9187-22.61524.1619
114.6408-3.7845-0.53484.0367-0.54641.2131.491-0.43430.74310.8016-0.2954-1.44390.9050.0329-1.04921.0287-0.2962-0.30081.0734-0.05781.327.1564-5.058824.5956
122.36740.47830.21040.41121.25564.7889-0.0429-0.50970.32130.6941-0.1323-0.1104-0.52530.07590.10980.8608-0.0556-0.18430.5805-0.10520.4131-0.5382-9.495144.8402
131.25070.0530.30392.19140.36171.1467-0.06210.15770.1319-0.2850.0288-0.1219-0.1340.08760.03270.3193-0.0124-0.0030.33230.00590.3804-8.2102-15.10532.6337
142.7031-0.28290.36921.52411.68566.20930.00960.8561-0.0937-1.271-0.06850.103-0.0619-0.11950.07051.1222-0.0434-0.09360.8036-0.00780.5298-15.9005-25.5178-27.9162
152.15821.08043.15983.41711.83715.6305-0.529-0.69580.75960.48-0.01280.2677-0.8372-0.35030.34640.72560.1933-0.02850.6622-0.27110.844-25.4604-3.743228.9988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and ((resseq 1060:1070))B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 1077:1140) or (resseq 1232:1268) or (resseq 1422:1440))B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 1141:1154) or (resseq 1216:1231) or (resseq 1269:1350) or (resseq 1377:1421) or (resseq 1547:1553))B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 1155:1215) or (resseq 1351:1376) or (resseq 1554:1578))B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and ((resseq 1441:1546))B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and ((resseq 1061:1071))C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and ((resseq 1075:1140) or (resseq 1232:1268) or (resseq 1422:1440))C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and ((resseq 1141:1154) or (resseq 1216:1231) or (resseq 1269:1350) or (resseq 1377:1421) or (resseq 1547:1553))C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and ((resseq 1155:1215) or (resseq 1351:1376) or (resseq 1554:1564))C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and ((resseq 1441:1546))C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and ((resseq 1060:1071))A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and ((resseq 1076:1140) or (resseq 1232:1268) or (resseq 1422:1440))A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and ((resseq 1141:1154) or (resseq 1216:1231) or (resseq 1269:1350) or (resseq 1377:1421) or (resseq 1547:1553))A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and ((resseq 1155:1215) or (resseq 1351:1376) or (resseq 1554:1562))A0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and ((resseq 1441:1546))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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