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- PDB-7a5a: Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Envelope Glycoprotein Gc W1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a5a
タイトルCrimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus Envelope Glycoprotein Gc W1191H/W1197A/W1199A Mutant in Postfusion Conformation (Monoclinic Crystal Form)
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus Entry / Class II Membrane Fusion Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc ...Nairovirus M polyprotein-like / : / : / : / : / Nairovirus GP38 / Nairovirus, structural glycoprotein Gn / Nairovirus, mucin-like domain / Nairovirus NSm / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.989 Å
データ登録者Hellert, J. / Guardado-Calvo, P. / Rey, F.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-10-LABX-62-IBEID
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of synergistic neutralization of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus by human antibodies.
著者: Mishra, A.K. / Hellert, J. / Freitas, N. / Guardado-Calvo, P. / Haouz, A. / Fels, J.M. / Maurer, D.P. / Abelson, D.M. / Bornholdt, Z.A. / Walker, L.M. / Chandran, K. / Cosset, F.L. / McLellan, J.S. / Rey, F.A.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
B: Envelopment polyprotein
C: Envelopment polyprotein
D: Envelopment polyprotein
E: Envelopment polyprotein
F: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,91020
ポリマ－359,7426
非ポリマー2,16814
水00
1
A: Envelopment polyprotein
B: Envelopment polyprotein
C: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,30412
ポリマ－179,8713
非ポリマー1,4349
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19730 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area55370 Å2
手法PISA
2
D: Envelopment polyprotein
E: Envelopment polyprotein
F: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,6058
ポリマ－179,8713
非ポリマー7355
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18970 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area54800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.971, 108.260, 223.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1066 and (name O or name...
21(chain B and ((resid 1066 and (name O or name...
31(chain C and ((resid 1066 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 1066 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 1066 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 1066 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain A and ((resid 1066 and (name O or name...AA106634
12THRTHRSERSER(chain A and ((resid 1066 and (name O or name...AA1060 - 156428 - 532
13THRTHRSERSER(chain A and ((resid 1066 and (name O or name...AA1060 - 156428 - 532
14THRTHRSERSER(chain A and ((resid 1066 and (name O or name...AA1060 - 156428 - 532
21ALAALAALAALA(chain B and ((resid 1066 and (name O or name...BB106634
22THRTHRSERSER(chain B and ((resid 1066 and (name O or name...BB1060 - 156428 - 532
23THRTHRSERSER(chain B and ((resid 1066 and (name O or name...BB1060 - 156428 - 532
24THRTHRSERSER(chain B and ((resid 1066 and (name O or name...BB1060 - 156428 - 532
31ALAALAALAALA(chain C and ((resid 1066 and (name N or name...CC106634
32SERSERSERSER(chain C and ((resid 1066 and (name N or name...CC1061 - 156429 - 532
33SERSERSERSER(chain C and ((resid 1066 and (name N or name...CC1061 - 156429 - 532
34SERSERSERSER(chain C and ((resid 1066 and (name N or name...CC1061 - 156429 - 532
41ALAALAALAALA(chain D and ((resid 1066 and (name N or name...DD106634
42THRTHRSERSER(chain D and ((resid 1066 and (name N or name...DD1060 - 156428 - 532
43THRTHRSERSER(chain D and ((resid 1066 and (name N or name...DD1060 - 156428 - 532
44THRTHRSERSER(chain D and ((resid 1066 and (name N or name...DD1060 - 156428 - 532
51ALAALAALAALA(chain E and ((resid 1066 and (name N or name...EE106634
52THRTHRSERSER(chain E and ((resid 1066 and (name N or name...EE1060 - 156428 - 532
53THRTHRSERSER(chain E and ((resid 1066 and (name N or name...EE1060 - 156428 - 532
54THRTHRSERSER(chain E and ((resid 1066 and (name N or name...EE1060 - 156428 - 532
61ALAALAALAALA(chain F and ((resid 1066 and (name N or name...FF106634
62THRTHRSERSER(chain F and ((resid 1066 and (name N or name...FF1060 - 156428 - 532
63THRTHRSERSER(chain F and ((resid 1066 and (name N or name...FF1060 - 156428 - 532
64THRTHRSERSER(chain F and ((resid 1066 and (name N or name...FF1060 - 156428 - 532

-
要素

#1: タンパク質
Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 59956.949 Da / 分子数: 6 / 変異: W1191H, W1199A, W1197A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (strain Nigeria/IbAr10200/1970) (ウイルス)
株: Nigeria/IbAr10200/1970 / 遺伝子: GP / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8JSZ3
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.5 uL of 13.4 mg/mL protein in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl were added to 0.5 uL of reservoir solution containing 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8K, 8% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月8日
詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.989→49.6 Å / Num. obs: 73919 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 79.08 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.99-3.0561.4112443140430.5550.6161.5441.289.2
14.64-49.65.70.05137396610.9970.0230.05626.196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A59

7a59


解像度: 2.989→49.05 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 2001 2.7085 %
Rwork0.2042 140640 -
obs-73878 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 273.9 Å2 / Biso mean: 93.9536 Å2 / Biso min: 38.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.989→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23321 0 131 0 23452
Biso mean--152.28 --
残基数----3005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424046
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59832664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.92714568
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A13051X-RAY DIFFRACTION8.505TORSIONAL
12B13051X-RAY DIFFRACTION8.505TORSIONAL
13C13051X-RAY DIFFRACTION8.505TORSIONAL
14D13051X-RAY DIFFRACTION8.505TORSIONAL
15E13051X-RAY DIFFRACTION8.505TORSIONAL
16F13051X-RAY DIFFRACTION8.505TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.989→3.096 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3686 193 -
Rwork0.3458 6719 -
obs--93.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5297-0.07-2.03181.18020.01015.972-0.05610.3268-0.1262-0.01170.10090.420.2886-1.1771-0.00870.9549-0.08960.07311.17260.07881.045550.255830.4871-15.4275
21.6604-0.5142-0.3482.06221.046.05380.14140.67250.1764-0.6201-0.07290.2499-0.7443-0.464-0.03841.4460.2090.05411.53290.20041.219653.462753.5897-35.8202
31.22240.8368-0.92514.14634.09327.01710.1415-0.4438-0.4548-0.04960.0209-0.60220.28940.4771-0.02891.5562-0.28250.31772.4449-0.06851.653950.831419.8018-38.2645
41.24340.2796-1.17551.2268-0.70984.9036-0.1553-0.1196-0.10650.0643-0.00160.01790.58420.24030.18671.03610.00680.13920.80690.02850.833172.780624.0436-5.7426
53.5543-0.1878-2.5761.90470.15154.3204-0.43160.4532-0.4068-0.47170.16860.0871.1495-0.32620.2991.881-0.27020.12631.1773-0.12941.200264.79887.9929-30.9565
64.0523-5.06350.32066.3306-0.34560.5653-0.62841.0015-0.8394-0.4451-0.4308-2.59630.1121.95020.93691.62350.460.50612.51210.57932.333493.630822.2412-20.0723
71.3462-0.0395-1.45411.471-0.1094.91610.1836-0.01160.19780.08170.04460.1447-0.5923-0.1139-0.24070.86920.02150.13990.8090.00760.865166.740548.3628-8.4309
82.5760.0572-1.36662.3035-1.27917.6579-0.0035-0.01740.2843-0.1838-0.0063-0.6052-0.47661.45080.10331.1049-0.06690.13021.3684-0.03321.126895.346841.4533-17.9905
91.51660.6105-1.55426.30770.69221.89320.16780.80630.6021-1.279-0.671-0.2638-0.19990.17610.48032.2660.0422-0.07661.71060.44741.79470.657560.9883-30.1258
101.4689-0.0404-1.45061.23950.43713.7999-0.08730.1596-0.1556-0.1718-0.08080.03090.3254-0.15730.20730.47260.0286-0.03680.4459-0.01890.711919.494819.8085100.3025
112.44270.7846-2.82382.2118-1.89414.8919-0.157-0.5299-0.10110.2893-0.1695-0.35520.4570.69620.31170.61960.1477-0.09020.78460.03790.86335.053920.3377127.0269
127.5052-6.34626.64078.5986-6.4176.041.2458-1.8715-1.6996-0.48160.34390.84642.0677-1.4013-1.54661.1079-0.27990.08110.95510.26331.48537.23716.4774121.575
131.387-0.0552-1.52741.2733-0.2134.77690.122-0.06860.0694-0.1983-0.0631-0.2799-0.23460.4666-0.05220.4134-0.02950.00670.46190.00290.739832.069741.3702104.772
141.06260.54570.03491.19570.38727.87980.0471-0.15650.13220.1743-0.12650.2289-0.4766-0.06670.10180.62540.06320.04990.5454-0.00520.933914.200561.378119.4229
152.40044.14253.06349.04136.23994.3738-0.2816-1.05630.50211.55381.0488-1.2943-0.12061.0168-0.81371.1840.0622-0.20721.0228-0.03351.542237.432444.6687132.0039
161.1602-0.1116-1.42521.23480.35285.15140.11490.30910.1569-0.3246-0.10420.1042-0.4065-0.4388-0.0570.4820.0714-0.10250.53160.01980.72118.22142.091996.2067
173.542-1.0834-1.58121.73420.39513.61090.0594-0.0402-0.0961-0.0432-0.02690.48910.0611-0.3332-0.02070.5512-0.1467-0.05540.7337-0.03820.9332-9.13621.9127111.2745
189.92170.6763.14693.0904-3.50045.51010.46380.31770.04550.5831-0.20830.6722-1.1652-0.2234-0.20281.26910.42590.2371.1896-0.04361.4816-3.05554.276114.1067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and ((resseq 1077:1438) or (resseq 1547:1564))E0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and ((resseq 1439:1546))E0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and ((resseq 1060:1070))E0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and ((resseq 1077:1438) or (resseq 1547:1564))D0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and ((resseq 1439:1546))D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and ((resseq 1060:1070))D0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and ((resseq 1077:1438) or (resseq 1547:1564))F0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and ((resseq 1439:1546))F0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and ((resseq 1060:1070))F0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and ((resseq 1076:1438) or (resseq 1547:1564))A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and ((resseq 1439:1546))A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and ((resseq 1060:1075))A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and ((resseq 1076:1438) or (resseq 1547:1564))B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and ((resseq 1439:1546))B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and ((resseq 1060:1075))B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and ((resseq 1077:1438) or (resseq 1547:1564))C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and ((resseq 1439:1546))C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and ((resseq 1061:1070))C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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