PDB-6s3u: Adhesin P140 from Mycoplasma Genitalium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s3u

タイトル

Adhesin P140 from Mycoplasma Genitalium

要素

Adhesin P1

キーワード

PROTEIN BINDING / Adhesion complex

機能・相同性

Adhesin P1, C-terminal domain / Adhesin P1, N-terminal / Adhesin P1 / Mycoplasma adhesin P1, C-terminal / Mycoplasma adhesin P1, N-terminal / adhesion of symbiont to microvasculature / plasma membrane / Adhesin P1

機能・相同性情報

生物種

Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.24 Å

データ登録者

Fita, I. / Aparicio, D.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium.
著者: David Aparicio / Margot P Scheffer / Marina Marcos-Silva / David Vizarraga / Lasse Sprankel / Mercè Ratera / Miriam S Weber / Anja Seybert / Sergi Torres-Puig / Luis Gonzalez-Gonzalez / ...
要旨: Mycoplasma genitalium is a human pathogen adhering to host target epithelial cells and causing urethritis, cervicitis and pelvic inflammatory disease. Essential for infectivity is a transmembrane ...

履歴

登録	2019年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s3u.cif.gz	2.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s3u.ent.gz	2.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s3u_validation.pdf.gz	528 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s3u_full_validation.pdf.gz	737.1 KB	表示
XML形式データ	6s3u_validation.xml.gz	252.7 KB	表示
CIF形式データ	6s3u_validation.cif.gz	336.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	10259C 10260C 10890C 6rutSC 6yrkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bxr-3 1kee-3 1cs0-3 1kee-2 1bxr-5 1a9x-5 1cs0-5 1ce8-4 1ce8-5 4ogc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin P1

B: Adhesin P1

C: Adhesin P1

D: Adhesin P1

E: Adhesin P1

F: Adhesin P1

868 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Adhesin P1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Adhesin P1

登録者が定義した集合体
145 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Adhesin P1

登録者が定義した集合体
145 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Adhesin P1

登録者が定義した集合体
145 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Adhesin P1

登録者が定義した集合体
145 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Adhesin P1

登録者が定義した集合体
145 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	459.190, 116.660, 285.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 124.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Adhesin P1 / Attachment protein / Cytadhesin P1 / MgPa 分子量: 144661.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア) 遺伝子: mgpA, MG191 / Variant: ATCC 33530 / G-37 / NCTC 10195 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20796

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350 0.1M BisTris Propane pH7.5 0.2M Sodium Sulphate Hydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.24→189.88 Å / Num. obs: 123883 / % possible obs: 63.5 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 80.85 Å² / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 3.24→3.58 Å / Num. unique obs: 6159 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RUT

6rut

解像度: 3.24→37.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.882 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.52

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	6149	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.185	123103	61.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.1981 Å²	0 Å²	-8.3421 Å²
2-	-	7.6855 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5125 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.24→37.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	59769	0	0	0	59769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	61280	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.27	83415	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		20601	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		10474	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		61280	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.86
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	24.19
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		8016	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		72593	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.24→3.45 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3029	121	4.91 %
R_work	0.2483	2342	-
all	0.251	2463	-
obs	-	-	7.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1172	-0.0302	0.2557	0.7491	-0.0256	0.4835	-0.0271	-0.1423	-0.0033	-0.1444	-0.047	0.1093	-0.1368	-0.0183	0.0741	0.0907	-0.117	-0.1654	0.0019	0.0375	-0.1828	116.7454	131.133	52.1954
2	0.351	-0.2575	0.2788	0.7114	0.2517	0.859	0.0951	-0.0437	-0.0514	-0.1419	-0.0293	0.0747	0.1422	0.0183	-0.0658	0.1796	-0.0852	-0.2896	-0.1215	-0.004	-0.245	120.6407	87.2404	36.1164
3	0.9217	-0.1809	0.2138	0.7858	-0.0807	-0.1177	0.0621	0.1221	-0.0547	-0.1098	-0.1079	0.1738	0.0649	0.163	0.0457	-0.2489	0.0187	-0.097	0.0303	0.1221	0.0879	85.8871	45.379	107.9011
4	1.0711	-0.2113	0.1491	0.8278	0.3715	0.0501	-0.0713	0.0042	0.2291	-0.0138	-0.0315	0.1139	0.0063	0.0216	0.1028	-0.4619	0.0317	-0.1884	-0.1433	0.1127	0.3412	70.8256	89.043	115.7009
5	0.0986	-0.0078	0.0303	0.1127	0.0541	0.3592	-0.0819	-0.1118	0.129	-0.3496	0.0554	-0.136	-0.0736	-0.1082	0.0265	0.2177	-0.2862	0.2913	-0.2219	-0.0444	0.1155	188.3175	53.1307	60.817
6	0.3641	-0.0271	-0.0993	0.1767	0.0322	0.2564	0.1019	-0.0873	-0.1321	-0.1792	0.0609	-0.3423	0.0807	-0.1739	-0.1628	0.1128	-0.1551	0.3149	-0.2418	-0.3064	0.152	188.9844	6.0377	61.638

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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