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万見
- PDB-7kp3: Adeno-associated virus serotype 5 at 2.1 Angstroms resolution, AAV5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kp3
タイトルAdeno-associated virus serotype 5 at 2.1 Angstroms resolution, AAV5
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / AAV5 / AAV / AAV-5 / Adeno Associated Virus / VIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / gene therapy
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Silveria, M. / Chapman, M.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: The Structure of an AAV5-AAVR Complex at 2.5 Å Resolution: Implications for Cellular Entry and Immune Neutralization of AAV Gene Therapy Vectors.
著者: Mark A Silveria / Edward E Large / Grant M Zane / Tommi A White / Michael S Chapman /
要旨: Adeno-Associated Virus is the leading vector for gene therapy. Although it is the vector for all in vivo gene therapies approved for clinical use by the US Food and Drug Administration, its biology ...Adeno-Associated Virus is the leading vector for gene therapy. Although it is the vector for all in vivo gene therapies approved for clinical use by the US Food and Drug Administration, its biology is still not yet fully understood. It has been shown that different serotypes of AAV bind to their cellular receptor, AAVR, in different ways. Previously we have reported a 2.4Å structure of AAV2 bound to AAVR that shows ordered structure for only one of the two AAVR domains with which AAV2 interacts. In this study we present a 2.5Å resolution structure of AAV5 bound to AAVR. AAV5 binds to the first polycystic kidney disease (PKD) domain of AAVR that was not ordered in the AAV2 structure. Interactions of AAV5 with AAVR are analyzed in detail, and the implications for AAV2 binding are explored through molecular modeling. Moreover, we find that binding sites for the antibodies ADK5a, ADK5b, and 3C5 on AAV5 overlap with the binding site of AAVR. These insights provide a structural foundation for development of gene therapy agents to better evade immune neutralization without disrupting cellular entry.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / refine
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.ls_d_res_high
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22987
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22987
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3661
ポリマ－80,3661
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,821,97360
ポリマ－4,821,97360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 402 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,8315
ポリマ－401,8315
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 482 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,1976
ポリマ－482,1976
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 80366.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 5 (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap, VP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9YIJ1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS
詳細: Expressed using SF9 cells with a pfastbac LIC vector. Purified with cesium chloride ultracentrifugation.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.746 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻直径: 250 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
225 mMMagnesium chlorideMgCl21
325 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: Two 2uL aliquots applied to grid (manual blotting between), prior to automated 3 second blot before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Coma-free alignment and objective astigmatism where corrected using Sherpa (Thermo Fisher, Inc.).
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 93 K
撮影電子線照射量: 31.7 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9490 / 詳細: Pixel size was 0.5295 angstrom.
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1 beta粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正Implemented through wrapper within Relion 3.1 beta
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9RELION3.1 beta初期オイラー角割当
10RELION3.1 beta最終オイラー角割当
11RELION3.1 beta分類
12RELION3.1 Beta３次元再構成
13RSRef0.5.8モデル精密化
14CNS1.3モデル精密化with embedded RSRef 0.5.6
CTF補正詳細: CTF correction was performed on a per particle basis.
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 672106
詳細: LoG Picker was used for initial automated particle selection. Templates were then generated by 2D classification, followed by particle template selection in Relion 3.1 beta.
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 373426 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Least-squares residual
詳細: Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics ...詳細: Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics optimization (1st round) and stereochemically-restrained all-atom least-squares optimization.
原子モデル構築PDB-ID: 3NTT

3ntt


Accession code: 3NTT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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