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- PDB-7kmg: LY-CoV555 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmg
タイトルLY-CoV555 neutralizing antibody against SARS-CoV-2
要素
  • LY-CoV555 Fab heavy chain
  • LY-CoV555 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / antibody neutralizing SARS-CoV-2 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Hendle, J. / Pustilnik, A. / Sauder, J.M. / Coleman, K.A. / Boyles, J.S. / Dickinson, C.D.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: The neutralizing antibody, LY-CoV555, protects against SARS-CoV-2 infection in nonhuman primates.
著者: Jones, B.E. / Brown-Augsburger, P.L. / Corbett, K.S. / Westendorf, K. / Davies, J. / Cujec, T.P. / Wiethoff, C.M. / Blackbourne, J.L. / Heinz, B.A. / Foster, D. / Higgs, R.E. / ...著者: Jones, B.E. / Brown-Augsburger, P.L. / Corbett, K.S. / Westendorf, K. / Davies, J. / Cujec, T.P. / Wiethoff, C.M. / Blackbourne, J.L. / Heinz, B.A. / Foster, D. / Higgs, R.E. / Balasubramaniam, D. / Wang, L. / Zhang, Y. / Yang, E.S. / Bidshahri, R. / Kraft, L. / Hwang, Y. / Zentelis, S. / Jepson, K.R. / Goya, R. / Smith, M.A. / Collins, D.W. / Hinshaw, S.J. / Tycho, S.A. / Pellacani, D. / Xiang, P. / Muthuraman, K. / Sobhanifar, S. / Piper, M.H. / Triana, F.J. / Hendle, J. / Pustilnik, A. / Adams, A.C. / Berens, S.J. / Baric, R.S. / Martinez, D.R. / Cross, R.W. / Geisbert, T.W. / Borisevich, V. / Abiona, O. / Belli, H.M. / de Vries, M. / Mohamed, A. / Dittmann, M. / Samanovic, M.I. / Mulligan, M.J. / Goldsmith, J.A. / Hsieh, C.L. / Johnson, N.V. / Wrapp, D. / McLellan, J.S. / Barnhart, B.C. / Graham, B.S. / Mascola, J.R. / Hansen, C.L. / Falconer, E.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LY-CoV555 Fab heavy chain
B: LY-CoV555 Fab light chain
C: Spike protein S1
D: LY-CoV555 Fab heavy chain
E: LY-CoV555 Fab light chain
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3438
ポリマ－142,1596
非ポリマー1842
水3,549197
1
A: LY-CoV555 Fab heavy chain
B: LY-CoV555 Fab light chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1714
ポリマ－71,0793
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
2
D: LY-CoV555 Fab heavy chain
E: LY-CoV555 Fab light chain
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1714
ポリマ－71,0793
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.317, 280.364, 68.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 LY-CoV555 Fab heavy chain


分子量: 24807.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 LY-CoV555 Fab light chain


分子量: 23097.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 23173.928 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 20% PEG 10000, sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→30 Å / Num. obs: 77441 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.16→2.29 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 9083 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YLA

6yla


解像度: 2.16→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.895 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 3756 4.9 %RANDOM
Rwork0.2086 ---
obs0.211 73545 91.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 179.32 Å2 / Biso mean: 43.404 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.87 Å20 Å2-2.46 Å2
2---1.09 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.16→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9360 0 12 201 9573
Biso mean--33.66 38.37 -
残基数----1255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0129671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.021.6413206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98451269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21923.848382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84151383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9531539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027355
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 245 -
Rwork0.299 4979 -
all-5224 -
obs--83.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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