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- PDB-7kgu: Structure of 2Q1-Fab, an antibody selective for IDH2R140Q-HLA-B*07:02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kgu
タイトルStructure of 2Q1-Fab, an antibody selective for IDH2R140Q-HLA-B*07:02
要素
  • Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
  • Light Chain, Fab fragment, IGG
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / 2Q1 / IGG
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / GLYCINE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Miller, M.S. / Aytenfisu, T.Y. / Wright, K.M. / Gabelli, S.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural engineering of chimeric antigen receptors targeting HLA-restricted neoantigens.
著者: Hwang, M.S. / Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Douglass, J. / Wright, K.M. / Hsiue, E.H. / Mog, B.J. / Aytenfisu, T.Y. / Murphy, M.B. / Aitana Azurmendi, P. / Skora, A.D. / Pearlman, A.H. ...著者: Hwang, M.S. / Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Douglass, J. / Wright, K.M. / Hsiue, E.H. / Mog, B.J. / Aytenfisu, T.Y. / Murphy, M.B. / Aitana Azurmendi, P. / Skora, A.D. / Pearlman, A.H. / Paul, S. / DiNapoli, S.R. / Konig, M.F. / Bettegowda, C. / Pardoll, D.M. / Papadopoulos, N. / Kinzler, K.W. / Vogelstein, B. / Zhou, S. / Gabelli, S.B.
履歴
登録2020年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light Chain, Fab fragment, IGG
B: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
C: Light Chain, Fab fragment, IGG
D: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
E: Light Chain, Fab fragment, IGG
F: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
H: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
L: Light Chain, Fab fragment, IGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,72455
ポリマ－187,0298
非ポリマー4,69647
水10,719595
1
A: Light Chain, Fab fragment, IGG
B: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,42216
ポリマ－46,7572
非ポリマー1,66414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
2
C: Light Chain, Fab fragment, IGG
D: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,13216
ポリマ－46,7572
非ポリマー1,37514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
3
E: Light Chain, Fab fragment, IGG
F: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,47510
ポリマ－46,7572
非ポリマー7188
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
4
H: Heavy Chain, Fab, IGG, Fab
L: Light Chain, Fab fragment, IGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,69513
ポリマ－46,7572
非ポリマー93811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.462, 263.955, 91.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 ACELBDFH

#1: 抗体
Light Chain, Fab fragment, IGG


分子量: 23449.023 Da / 分子数: 4 / 断片: fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293
#2: 抗体
Heavy Chain, Fab, IGG, Fab


分子量: 23308.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293

-
非ポリマー , 8種, 642分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.53 Å / Num. obs: 68740 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.866 % / Biso Wilson estimate: 38.118 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 8.82 / Num. measured all: 197009 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.462.6270.4682.0813096504749850.6760.59298.8
2.46-2.532.8830.422.514470502350190.7750.51699.9
2.53-2.62.9860.3852.814457489548410.8040.46998.9
2.6-2.682.9590.323.3813948473747140.8630.38999.5
2.68-2.772.9560.2594.0713546462145830.9050.31699.2
2.77-2.872.9760.2234.7512977439243610.9290.27299.3
2.87-2.982.9340.1755.8512588433842910.9550.21498.9
2.98-3.12.9390.1556.7911878407340410.9640.18899.2
3.1-3.242.880.1228.4111426400239670.9750.14899.1
3.24-3.392.910.09710.3410772375237020.9850.11898.7
3.39-3.582.8270.07812.4110100362235730.990.09698.6
3.58-3.792.770.07213.129359341333790.9910.08899
3.79-4.062.6240.06314.038103318030880.9920.07997.1
4.06-4.382.5250.05116.17430300829430.9930.06597.8
4.38-4.82.7020.04817.867360277827240.9950.0698.1
4.8-5.372.8260.04818.096756244923910.9950.05997.6
5.37-6.23.0790.05417.246622219521510.9940.06598
6.2-7.593.0790.05217.685668186518410.9950.06398.7
7.59-10.733.0610.03722.794209141413750.9970.04597.2
10.73-45.532.9110.03523.2622448087710.9970.04395.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.559
最高解像度最低解像度
Rotation45.52 Å3.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UJ9

6uj9


解像度: 2.4→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.2493 / WRfactor Rwork: 0.1945 / FOM work R set: 0.7753 / SU B: 21.498 / SU ML: 0.25 / SU R Cruickshank DPI: 0.5904 / SU Rfree: 0.3022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 3437 5 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.2111 65303 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.27 Å2 / Biso mean: 39.047 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20.01 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12900 0 261 595 13756
Biso mean--67.79 35.54 -
残基数----1690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01313442
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01711909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8121.64218297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.351.56927772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.24851679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.55422.772570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.935152065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2051552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022739
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 248 -
Rwork0.318 4720 -
all-4968 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0852-0.40140.19792.10650.33671.6541-0.00220.1563-0.1157-0.01210.1285-0.07390.2787-0.0857-0.12630.1571-0.0453-0.03360.0611-0.01870.02846.829-5.676-5.44
20.8412-0.26220.36662.24550.94461.3879-0.02580.05420.0110.04110.2358-0.13420.18240.1009-0.210.07780.0111-0.01430.1003-0.02910.09258.2984.02810.353
30.55330.4643-0.11472.6423-1.15012.5125-0.0193-0.0799-0.050.23510.0887-0.0172-0.1391-0.1488-0.06940.0890.042-0.0080.0570.01420.01211.7038.16353.136
40.60260.37210.16691.298-1.17542.1136-0.0059-0.02580.00730.03430.0862-0.07570.105-0.188-0.08030.08310.0002-0.0160.12190.0160.096210.4919.93534.644
50.61480.3401-0.15673.31480.36541.50270.0286-0.18710.11930.12770.1872-0.2472-0.1981-0.0632-0.21580.08730.0230.04610.1034-0.05380.09046.93774.95936.69
60.60120.1362-0.39741.9280.78281.17840.0512-0.0840.048-0.10060.1613-0.2063-0.13750.0403-0.21250.0404-0.01540.03940.0803-0.04510.13578.54964.97921.1
70.87-0.6593-0.19132.089-1.69243.73990.17930.29020.158-0.45360.1234-0.0880.1626-0.4711-0.30260.16870.00560.06690.17770.06550.068411.92859.898-21.804
81.1856-0.3799-0.6330.9569-0.92832.33540.04080.17730.0866-0.10970.1358-0.0879-0.0022-0.4359-0.17660.06680.01550.03640.15330.03020.123310.76358.522-3.168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION1L301
3X-RAY DIFFRACTION2H2 - 218
4X-RAY DIFFRACTION3A1 - 212
5X-RAY DIFFRACTION4B1 - 218
6X-RAY DIFFRACTION5C1 - 212
7X-RAY DIFFRACTION6D2 - 218
8X-RAY DIFFRACTION7E1 - 211
9X-RAY DIFFRACTION8F1 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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