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Yorodumi- PDB-7kgu: Structure of 2Q1-Fab, an antibody selective for IDH2R140Q-HLA-B*07:02 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kgu | |||||||||
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Title | Structure of 2Q1-Fab, an antibody selective for IDH2R140Q-HLA-B*07:02 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / 2Q1 / IGG | |||||||||
Function / homology | GLYCINE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Miller, M.S. / Aytenfisu, T.Y. / Wright, K.M. / Gabelli, S.B. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Structural engineering of chimeric antigen receptors targeting HLA-restricted neoantigens. Authors: Hwang, M.S. / Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Douglass, J. / Wright, K.M. / Hsiue, E.H. / Mog, B.J. / Aytenfisu, T.Y. / Murphy, M.B. / Aitana Azurmendi, P. / Skora, A.D. / Pearlman, A.H. ...Authors: Hwang, M.S. / Miller, M.S. / Thirawatananond, P. / Douglass, J. / Wright, K.M. / Hsiue, E.H. / Mog, B.J. / Aytenfisu, T.Y. / Murphy, M.B. / Aitana Azurmendi, P. / Skora, A.D. / Pearlman, A.H. / Paul, S. / DiNapoli, S.R. / Konig, M.F. / Bettegowda, C. / Pardoll, D.M. / Papadopoulos, N. / Kinzler, K.W. / Vogelstein, B. / Zhou, S. / Gabelli, S.B. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kgu.cif.gz | 669.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7kgu.ent.gz | 554.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kgu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7kgu_validation.pdf.gz | 557.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7kgu_full_validation.pdf.gz | 578.7 KB | Display | |
Data in XML | 7kgu_validation.xml.gz | 67.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7kgu_validation.cif.gz | 95.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/7kgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/7kgu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6uj7C 6uj8C 6uj9SC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 8 molecules ACELBDFH
#1: Antibody | Mass: 23449.023 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: fab fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): HEK293 #2: Antibody | Mass: 23308.109 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): HEK293 |
---|
-Non-polymers , 8 types, 642 molecules
#3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-BTB / | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-K / | #9: Chemical | ChemComp-GLY / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 277 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Type: OTHER / Wavelength: 0.92009 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92009 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→45.53 Å / Num. obs: 68740 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 2.866 % / Biso Wilson estimate: 38.118 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 8.82 / Num. measured all: 197009 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.559
|
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6UJ9 Resolution: 2.4→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.2493 / WRfactor Rwork: 0.1945 / FOM work R set: 0.7753 / SU B: 21.498 / SU ML: 0.25 / SU R Cruickshank DPI: 0.5904 / SU Rfree: 0.3022 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.302 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.27 Å2 / Biso mean: 39.047 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→45.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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