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- PDB-7jwp: Fab CJ11 in complex IL-18 peptide liberated by Caspase cleavage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwp
タイトルFab CJ11 in complex IL-18 peptide liberated by Caspase cleavage
要素
  • Fab CJ11 Heavy chain
  • Fab CJ11 Light chain
  • IL-18 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-18 / caspase
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Payandeh, J. / Ho, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Discovery of a caspase cleavage motif antibody reveals insights into noncanonical inflammasome function.
著者: Davies, C.W. / Stowe, I. / Phung, Q.T. / Ho, H. / Bakalarski, C.E. / Gupta, A. / Zhang, Y. / Lill, J.R. / Payandeh, J. / Kayagaki, N. / Koerber, J.T.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fab CJ11 Heavy chain
B: Fab CJ11 Light chain
C: Fab CJ11 Heavy chain
D: Fab CJ11 Light chain
E: Fab CJ11 Heavy chain
F: Fab CJ11 Light chain
G: Fab CJ11 Heavy chain
H: Fab CJ11 Light chain
I: Fab CJ11 Heavy chain
J: Fab CJ11 Light chain
K: Fab CJ11 Heavy chain
L: Fab CJ11 Light chain
M: Fab CJ11 Heavy chain
N: Fab CJ11 Light chain
O: Fab CJ11 Heavy chain
P: Fab CJ11 Light chain
Q: IL-18 peptide
R: IL-18 peptide
S: IL-18 peptide
T: IL-18 peptide
U: IL-18 peptide
V: IL-18 peptide
W: IL-18 peptide
X: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,27524
ポリマ－376,27524
非ポリマー00
水00
1
A: Fab CJ11 Heavy chain
B: Fab CJ11 Light chain
Q: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
2
C: Fab CJ11 Heavy chain
D: Fab CJ11 Light chain
R: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
3
E: Fab CJ11 Heavy chain
F: Fab CJ11 Light chain
S: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
4
G: Fab CJ11 Heavy chain
H: Fab CJ11 Light chain
T: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
5
I: Fab CJ11 Heavy chain
J: Fab CJ11 Light chain
U: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
6
K: Fab CJ11 Heavy chain
L: Fab CJ11 Light chain
V: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
7
M: Fab CJ11 Heavy chain
N: Fab CJ11 Light chain
W: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
8
O: Fab CJ11 Heavy chain
P: Fab CJ11 Light chain
X: IL-18 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0343
ポリマ－47,0343
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.348, 83.524, 145.794
Angle α, β, γ (deg.)107.240, 106.530, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and resid 2 through 215)
21(chain D and resid 2 through 215)
31(chain F and resid 2 through 215)
41(chain H and resid 2 through 215)
51(chain J and resid 2 through 215)
61chain L
71chain N
81(chain P and resid 2 through 215)
12chain A
22chain C
32(chain E and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))
42(chain G and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))
52chain I
62(chain K and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))
72chain M
82(chain O and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))
13chain Q
23chain R
33chain S
43chain T
53chain U
63chain V
73chain X

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILEGLYGLY(chain B and resid 2 through 215)BB2 - 2152 - 215
211ILEILEGLYGLY(chain D and resid 2 through 215)DD2 - 2152 - 215
311ILEILEGLYGLY(chain F and resid 2 through 215)FF2 - 2152 - 215
411ILEILEGLYGLY(chain H and resid 2 through 215)HH2 - 2152 - 215
511ILEILEGLYGLY(chain J and resid 2 through 215)JJ2 - 2152 - 215
611ILEILEGLYGLYchain LLL2 - 2152 - 215
711ILEILEGLYGLYchain NNN2 - 2152 - 215
811ILEILEGLYGLY(chain P and resid 2 through 215)PP2 - 2152 - 215
112GLNGLNPROPROchain AAA1 - 2151 - 215
212GLNGLNPROPROchain CCC1 - 2151 - 215
312GLNGLNGLYGLY(chain E and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))EE1 - 1351 - 135
322THRTHRPROPRO(chain E and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))EE137 - 215137 - 215
412GLNGLNGLYGLY(chain G and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))GG1 - 1351 - 135
422THRTHRPROPRO(chain G and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))GG137 - 215137 - 215
512GLNGLNPROPROchain III1 - 2151 - 215
612GLNGLNGLYGLY(chain K and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))KK1 - 1351 - 135
622THRTHRPROPRO(chain K and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))KK137 - 215137 - 215
712GLNGLNPROPROchain MMM1 - 2151 - 215
812GLNGLNGLYGLY(chain O and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))OO1 - 1351 - 135
822THRTHRPROPRO(chain O and (resid 1 through 135 or resid 137 through 215))OO137 - 215137 - 215
113GLYGLYASPASPchain QQQ30 - 351 - 6
213GLYGLYASPASPchain RRR30 - 351 - 6
313GLYGLYASPASPchain SSS30 - 351 - 6
413GLYGLYASPASPchain TTT30 - 351 - 6
513GLYGLYASPASPchain UUU30 - 351 - 6
613GLYGLYASPASPchain VVV30 - 351 - 6
713GLYGLYASPASPchain XXX30 - 351 - 6

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
Fab CJ11 Heavy chain


分子量: 23001.879 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab CJ11 Light chain


分子量: 23397.875 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
IL-18 peptide


分子量: 634.592 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1 Na citrate, pH 6, 20% PEG4000, 20% isopropanol; Fab was reductively methylated

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.12
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 60390 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 500

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2747精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I8O

5i8o


解像度: 3→23.972 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 102.58 / 位相誤差: 41.42 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 3300 5.46 %
Rwork0.2348 57244 -
obs0.2507 60390 86.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.89 Å2 / Biso mean: 24.733 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→23.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25753 0 0 0 25753
残基数----3437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00426361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99835938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04315666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
12D9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
13F9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
14H9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
15J9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
16L9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
17N9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
18P9973X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
21A9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
22C9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
23E9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
24G9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
25I9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
26K9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
27M9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
28O9577X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
31Q196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
32R196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
33S196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
34T196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
35U196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
36V196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
37X196X-RAY DIFFRACTION8.698TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0004-3.05190.32531490.32282688283778
3.0519-3.10720.30941350.30462771290679
3.1072-3.16660.40081500.29582817296781
3.1666-3.23090.33911400.28962868300881
3.2309-3.30070.37911570.28662864302183
3.3007-3.3770.3111330.27652881301482
3.377-3.46090.28721410.26482896303783
3.4609-3.55380.31611290.25752847297682
3.5538-3.65750.26521810.26432814299581
3.6575-3.77450.36151340.25452881301583
3.7745-3.90810.25421130.23952915302883
3.9081-4.06290.27381410.23022809295081
4.0629-4.24550.21891950.22952887308283
4.2455-4.46610.22681160.20712954307085
4.4661-4.74110.23911460.20472927307384
4.7411-5.09940.21292080.20852903311183
5.0994-5.59860.24561870.23122909309683
5.5986-6.3770.25061100.24792883299383
6.377-7.9190.25991430.2522828297182
7.919-18.010.23281650.22732902306783

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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