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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eg6 | ||||||
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タイトル | Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Chromatin remodeler complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z.C. / Chen, K.J. / He, Z.Y. / Ye, Y.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structure of the SWI/SNF complex bound to the nucleosome and insights into the functional modularity. 著者: Zhenyu He / Kangjing Chen / Youpi Ye / Zhucheng Chen / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eg6.cif.gz | 308 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eg6.ent.gz | 221.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eg6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eg6_validation.pdf.gz | 717.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eg6_full_validation.pdf.gz | 719.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7eg6_validation.xml.gz | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eg6_validation.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7eg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/7eg6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 MAEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 102642.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SNF5, SWI10, TYE4, YBR289W, YBR2036 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P18480 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 15289.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P84233 #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P62799 #4: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P06897 #5: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P02281 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#6: DNA鎖 | 分子量: 72380.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 72740.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 525389 / 対称性のタイプ: POINT |