+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mlu | ||||||
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Title | Crystal structure of the PFV GAG CBS bound to a mononucleosome | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / nucleosome / GAG / prototype foamy virus (PFV) / complex / protein / DNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / DNA-templated transcription initiation / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / nucleosome / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm ...host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral budding via host ESCRT complex / viral release from host cell / DNA-templated transcription initiation / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / nucleosome / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xenopus laevis (African clawed frog) Simian foamy virus Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Pye, V.E. / Maskell, D.P. / Lesbats, P. / Cherepanov, P. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Structural basis for spumavirus GAG tethering to chromatin. Authors: Lesbats, P. / Serrao, E. / Maskell, D.P. / Pye, V.E. / O'Reilly, N. / Lindemann, D. / Engelman, A.N. / Cherepanov, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mlu.cif.gz | 641.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mlu.ent.gz | 523.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mlu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/5mlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/5mlu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1kx5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 5 types, 8 molecules AEBFCGDH
#1: Protein | Mass: 11405.321 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P84233 #2: Protein | Mass: 9566.249 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62799 #3: Protein | Mass: 11494.393 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P06897 #4: Protein | | Mass: 10348.852 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1B8Y853, UniProt: P02281*PLUS #5: Protein | | Mass: 10478.032 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xenopus laevis (African clawed frog) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A1B8Y853, UniProt: P02281*PLUS |
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-Protein/peptide , 1 types, 1 molecules M
#6: Protein/peptide | Mass: 1986.177 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Simian foamy virus / Production host: synthetic construct (others) / References: UniProt: P14349*PLUS |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules IJ
#7: DNA chain | Mass: 44991.660 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: Widom 601 / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / Plasmid details: Widow 601 |
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#8: DNA chain | Mass: 44520.383 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: Widom 601 / Source: (natural) Escherichia coli (E. coli) / Plasmid details: Widow 601 |
-Non-polymers , 2 types, 198 molecules
#9: Chemical | ChemComp-MN / #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.05M MnCl2, 0.04M KCl, 0.1M potassium cacodylate pH 6.0, 5% trehalose, 24% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97626 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97626 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→76.61 Å / Num. obs: 51308 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.87 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1KX5 Resolution: 2.8→76.607 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→76.607 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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