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万見
- PDB-7dm2: crystal structure of the M. tuberculosis phosphate ABC transport ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dm2
タイトルcrystal structure of the M. tuberculosis phosphate ABC transport receptor PstS-1 in complex with Fab p4-170
要素
  • Phosphate-binding protein PstS 1
  • heavy chain
  • light chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / complex / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / cell adhesion / cell surface / extracellular region ...phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / cell adhesion / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphate ABC transporter, substrate-binding protein PstS / PBP superfamily domain / PBP domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein PstS 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ma, B. / Freund, N. / Xiang, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Human antibodies targeting a Mycobacterium transporter protein mediate protection against tuberculosis.
著者: Watson, A. / Li, H. / Ma, B. / Weiss, R. / Bendayan, D. / Abramovitz, L. / Ben-Shalom, N. / Mor, M. / Pinko, E. / Bar Oz, M. / Wang, Z. / Du, F. / Lu, Y. / Rybniker, J. / Dahan, R. / Huang, H. ...著者: Watson, A. / Li, H. / Ma, B. / Weiss, R. / Bendayan, D. / Abramovitz, L. / Ben-Shalom, N. / Mor, M. / Pinko, E. / Bar Oz, M. / Wang, Z. / Du, F. / Lu, Y. / Rybniker, J. / Dahan, R. / Huang, H. / Barkan, D. / Xiang, Y. / Javid, B. / Freund, N.T.
履歴
登録2020年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate-binding protein PstS 1
L: light chain
H: heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9814
ポリマ－84,8863
非ポリマー951
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area30120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.405, 56.734, 65.852
Angle α, β, γ (deg.)102.340, 110.260, 93.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Phosphate-binding protein PstS 1 / PstS-1 / 38-kDa glycolipoprotein / 38-kDa lipoprotein / P38 / Antigen Ag78 / Protein antigen B / Pab


分子量: 37023.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: pstS1, phoS1, Rv0934, MTCY08D9.05c / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P9WGU1
#2: 抗体 light chain


分子量: 23262.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 heavy chain


分子量: 24600.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→54.86 Å / Num. obs: 35104 / % possible obs: 75.5 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 76615
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.161.60.273300818520.9260.2360.3632.827.3
6.48-54.862.30.029334914320.9980.0230.0372497.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1pc3

1pc3


解像度: 2.4→28.08 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 1400 5.01 %
Rwork0.1703 26539 -
obs0.1726 27939 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.43 Å2 / Biso mean: 36.3466 Å2 / Biso min: 10.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→28.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5643 0 0 386 6029
Biso mean---39.04 -
残基数----762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.490.25861320.20772507263991
2.49-2.590.22581440.1962601274594
2.59-2.70.28511390.20432638277796
2.7-2.850.26761630.20242635279898
2.85-3.020.25841370.19662701283898
3.02-3.260.25951310.19152676280797
3.26-3.580.2231280.16832677280597
3.58-4.10.1791620.14562698286098
4.1-5.160.15691340.12942724285899
5.16-28.080.20451300.16912682281298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80511.0963-0.27431.8398-0.43771.7947-0.03680.34650.2746-0.399-0.1853-0.5413-0.13590.31780.11350.25290.0430.16020.30880.09510.38651.677224.3101-5.09
22.27391.0871-0.44482.9312-0.25562.61110.4664-0.36980.5452-0.1079-0.4328-0.3014-0.63190.0444-0.10840.2731-0.03270.01710.1879-0.01450.3875-5.049930.60848.5611
31.26310.7143-0.66892.8318-1.19191.35520.02020.047-0.0745-0.17420.0015-0.12230.1509-0.00840.01510.0930.0035-0.03720.1272-0.03470.1321-14.04967.107710.4448
41.10970.72080.05772.3049-0.89530.9238-0.0779-0.1016-0.04260.1065-0.0151-0.1551-0.02940.04590.0490.1160.0107-0.02380.1506-0.01930.1385-12.95247.052219.2586
51.47491.2218-0.6751.9101-0.7391.81870.1533-0.0121-0.4255-0.3578-0.0078-0.67440.23770.4769-0.03230.18850.02550.0840.2102-0.08140.3005-4.46872.76228.0322
64.0818-0.9064-1.06183.13850.3021.84490.11480.57180.0744-0.387-0.07130.0871-0.0579-0.5042-0.01570.1525-0.0689-0.03110.2188-0.00150.1702-20.83144.67396.9889
71.25721.96560.35585.74450.77040.1058-0.15740.03780.1725-0.86420.03320.6231-0.3058-0.13530.11070.2435-0.0157-0.08130.2751-0.00660.2025-21.444721.59881.2771
82.37240.5234-0.53211.8091-0.44671.56660.1327-0.18780.4780.0405-0.19160.0969-0.1680.1770.0010.14030.0026-0.02580.1010.03120.1807-12.921623.34323.6992
92.56450.3245-0.49591.8646-0.6641.548-0.02140.48570.3124-0.50740.0104-0.3854-0.0965-0.08130.02940.3270.02840.06850.29360.06660.186-8.602525.9445-7.8034
105.88861.5484-3.10572.2484-2.79053.80290.03470.2942-0.1406-0.23060.21580.47010.2078-0.3621-0.07480.3279-0.0698-0.0750.3063-0.04360.4471-49.721816.060516.9389
114.11220.514-1.76770.5545-0.22760.72520.0853-0.1083-0.21970.0045-0.04240.0539-0.001-0.0446-0.01890.2768-0.02-0.08620.2692-0.01380.2864-41.893918.608619.5028
124.24411.2331-0.15985.6870.70764.22720.235-0.50790.76860.4114-0.26920.8529-0.0518-0.5654-0.01480.287-0.04560.04030.5233-0.05450.452-67.910637.023842.6996
132.4903-0.872-1.09761.99630.11351.76650.00160.00940.16460.15030.0276-0.0074-0.0895-0.0339-0.0260.2318-0.0281-0.04560.2241-0.01450.2512-32.751537.397122.4601
144.0817-0.32731.27515.8055-2.51178.45620.4855-0.3985-0.09530.44970.00510.03580.3748-0.0949-0.48650.334-0.0467-0.0440.3172-0.06490.3099-52.128439.352646.8418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 74 )A18 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 96 )A75 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 132 )A97 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 206 )A133 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 207 through 236 )A207 - 236
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 237 through 254 )A237 - 254
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 255 through 275 )A255 - 275
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 276 through 302 )A276 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 303 through 351 )A303 - 351
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 5 through 26 )L5 - 26
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 27 through 120 )L27 - 120
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 121 through 216 )L121 - 216
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 1 through 131 )H1 - 131
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 132 through 225 )H132 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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