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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cmy | ||||||
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タイトル | Isocitrate lyase from Bacillus cereus ATCC 14579 in complex with Magnessium ion, glyoxylate, and succinate | ||||||
要素 | Isocitrate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / Isocitrate lyase / Bacillus cereus / Glyoxylate cycle / Metal utilization enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, K. / Ki, D. / Lee, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Isocitrate lyase from Bacillus cereus ATCC 14579 in complex with Magnessium ion, glyoxylate, and succinate 著者: Kim, K. / Ki, D. / Lee, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cmy.cif.gz | 176.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cmy.ent.gz | 138.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cmy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cmy_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cmy_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7cmy_validation.xml.gz | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cmy_validation.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3i4eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47978.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_1128 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81GQ9, isocitrate lyase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50% PEG 400, 100mM CHES pH 9.5, 200mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 31543 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 3.343 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 168058 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3I4E 解像度: 2.5→36.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 11.185 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.753 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.53 Å2 / Biso mean: 45.827 Å2 / Biso min: 24.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→36.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0
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