+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cmx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Isocitrate lyase from Bacillus cereus ATCC 14579 | ||||||
Components | Isocitrate lyase | ||||||
Keywords | LYASE / Isocitrate lyase / Bacillus cereus / Glyoxylate cycle / Metal utilization enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / carboxylic acid metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Kim, K. / Ki, D. / Lee, S.H. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Isocitrate lyase from Bacillus cereus ATCC 14579 Authors: Kim, K. / Ki, D. / Lee, S.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7cmx.cif.gz | 343.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7cmx.ent.gz | 278.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7cmx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7cmx_validation.pdf.gz | 451.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7cmx_full_validation.pdf.gz | 463.6 KB | Display | |
Data in XML | 7cmx_validation.xml.gz | 65.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7cmx_validation.cif.gz | 96 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3i4eS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 47978.539 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (bacteria) Gene: BC_1128 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: Q81GQ9, isocitrate lyase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.85 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 16% PEG3350, 4% Tacsimate pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.79→50 Å / Num. obs: 141236 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 2.497 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 962437 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3I4E Resolution: 1.79→33.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.373 / SU ML: 0.097 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.71 Å2 / Biso mean: 13.159 Å2 / Biso min: 2.93 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.79→33.17 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.791→1.838 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|