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- PDB-7b8w: Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b8w
タイトルStructure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470
要素LIM domain kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / LIMK1 Kinase domain / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of axon extension ...positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of axon extension / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / EPHB-mediated forward signaling / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / nervous system development / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / neuron projection / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / nuclear speck / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T3B / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lee, H. / Yosaatmadja, Y. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Elkins, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470
著者: Lee, H. / Yosaatmadja, Y. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Elkins, J.M.
履歴
登録2020年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LIM domain kinase 1
B: LIM domain kinase 1
C: LIM domain kinase 1
D: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,58811
ポリマ－143,9794
非ポリマー2,6097
水1448
1
A: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7875
ポリマ－35,9951
非ポリマー7924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6012
ポリマ－35,9951
非ポリマー6061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6012
ポリマ－35,9951
非ポリマー6061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6012
ポリマ－35,9951
非ポリマー6061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.692, 83.665, 96.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 640
2114B1 - 640
3114C1 - 640
4114D1 - 640

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999959, -0.00746, 0.005147), (0.007535, -0.999862, 0.014785), (0.005036, 0.014824, 0.999877)42.527981, 47.372978, -0.43354
3given(-0.006859, 0.999924, 0.010257), (0.999834, 0.007031, -0.016783), (-0.016854, 0.010141, -0.999807)-24.87492, -37.525242, 48.890511
4given(0.003252, -0.999699, 0.024302), (0.999848, 0.003667, 0.017055), (-0.017139, 0.024243, 0.999559)23.997379, 3.38232, -48.08276

-
要素

#1: タンパク質
LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 35994.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-T3B / 2-(2-methylpropanoylamino)-~{N}-[2-[(phenylmethyl)-[4-(phenylsulfamoyl)phenyl]carbonyl-amino]ethyl]-1,3-thiazole-5-carboxamide


分子量: 605.728 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H31N5O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium Citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→51.2 Å / Num. obs: 33406 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 225877 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.946.81.4523005443920.590.5951.571.699.9
9.29-51.26.30.08861029650.9880.0370.09515.999.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.38 Å50.1 Å
Translation3.38 Å50.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NXC

5nxc


解像度: 2.8→50.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 18.604 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2862 1574 4.7 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
obs0.2094 31818 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.53 Å2 / Biso mean: 45.413 Å2 / Biso min: 24.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å2-0.15 Å2
2---2.97 Å20 Å2
3---4.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→50.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8464 0 180 8 8652
Biso mean--42.79 30.55 -
残基数----1103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.64312067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1651.57518542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.03920.949432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.125151318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2961557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022112
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3903 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.380.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.390.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.360.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.440.5
1AMEDIUM THERMAL5.242
2BMEDIUM THERMAL4.32
3CMEDIUM THERMAL4.752
4DMEDIUM THERMAL5.762
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 116 -
Rwork0.34 2335 -
all-2451 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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