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万見
- PDB-6b2p: Dual Inhibition of the Essential Protein Kinases A and B in Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2p
タイトルDual Inhibition of the Essential Protein Kinases A and B in Mycobacterium tuberculosis
要素Serine/threonine-protein kinase PknB
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / drug design / tuberculosis / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / regulation of primary metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / response to host immune response / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...negative regulation of growth rate / regulation of primary metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / response to host immune response / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJJ / Serine/threonine-protein kinase PknB / Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Zuccola, H.J.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017
タイトル: Mtb PKNA/PKNB Dual Inhibition Provides Selectivity Advantages for Inhibitor Design To Minimize Host Kinase Interactions.
著者: Wang, T. / Bemis, G. / Hanzelka, B. / Zuccola, H. / Wynn, M. / Moody, C.S. / Green, J. / Locher, C. / Liu, A. / Gao, H. / Xu, Y. / Wang, S. / Wang, J. / Bennani, Y.L. / Thomson, J.A. / Muh, U.
履歴
登録2017年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6842
ポリマ－30,2871
非ポリマー3971
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase PknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3684
ポリマ－60,5742
非ポリマー7942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)117.952, 123.146, 45.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknB


分子量: 30287.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pknB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI80, UniProt: P9WI81*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CJJ / 5-{5-chloro-4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-2-yl}thiophene-2-sulfonamide


分子量: 396.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13ClN6O2S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% (w/v) PEGMME 2000, 0.1 M Tris-HCI pH 8.5, 400 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.011→58.976 Å / Num. obs: 6695 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 110.36 Å2 / Net I/σ(I): 15.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PROCESS1.1.7データ削減
PROCESS1.1.7データスケーリング
BUSTER2.11.7位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.01→58.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.417
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 336 5.02 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 6695 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 112.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.5729 Å20 Å20 Å2
2--43.3623 Å20 Å2
3----21.7894 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.01→58.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 0 25 0 1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092036HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.032774HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d689SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes301HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2036HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion261SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2231SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.37 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3504 -4.04 %
Rwork0.2468 1806 -
all0.2508 1882 -
obs--99.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 92.9238 Å / Origin y: 78.2034 Å / Origin z: 19.2549 Å
111213212223313233
T-0.0489 Å20.054 Å2-0.152 Å2--0.3036 Å2-0.0052 Å2---0.2651 Å2
L5.1095 °21.1148 °2-2.8411 °2-6.0958 °20.5028 °2--3.6061 °2
S0.0302 Å °0.0109 Å °0.3975 Å °-0.4985 Å °-0.2325 Å °0.5328 Å °-0.2486 Å °-0.0103 Å °0.2023 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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