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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b8w | ||||||
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タイトル | Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 | ||||||
要素 | LIM domain kinase 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / LIMK1 Kinase domain / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion ...positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / positive regulation of axon extension / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / heat shock protein binding / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / lamellipodium / nervous system development / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / nuclear speck / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / シグナル伝達 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, H. / Yosaatmadja, Y. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Elkins, J.M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of LIMK1 Kinase domain with allosteric inhibitor TH-470 著者: Lee, H. / Yosaatmadja, Y. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Elkins, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b8w.cif.gz | 226.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b8w.ent.gz | 179.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b8w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/7b8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/7b8w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5nxcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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4 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35994.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-T3B / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium Citrate dibasic, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→51.2 Å / Num. obs: 33406 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.221 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.239 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 225877 / Scaling rejects: 24 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5NXC 解像度: 2.8→50.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 18.604 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.53 Å2 / Biso mean: 45.413 Å2 / Biso min: 24.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→50.15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 3903 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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