PDB-2fum: Catalytic domain of protein kinase PknB from Mycobacterium tuberc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fum

タイトル

Catalytic domain of protein kinase PknB from Mycobacterium tuberculosis in complex with mitoxantrone

要素

Probable serine/threonine-protein kinase pknB

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN KINASE-INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of growth rate / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / acetyltransferase activator activity / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / peptidoglycan-based cell wall / regulation of cell shape / manganese ion binding / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Wehenkel, A. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2006
タイトル: The structure of PknB in complex with mitoxantrone, an ATP-competitive inhibitor, suggests a mode of protein kinase regulation in mycobacteria
著者: Wehenkel, A. / Fernandez, P. / Bellinzoni, M. / Catherinot, V. / Barilone, N. / Labesse, G. / Jackson, M. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2006年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fum.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fum.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/2fum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/2fum	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1o6yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5n84-d 4fg8-1 4c78-d 4jai-d 3h10-3 1njf-2 4c4e-d 7clh-d 5n87-d 4js8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

B: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

C: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

D: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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4

D: Probable serine/threonine-protein kinase pknB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.863, 116.863, 260.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
1	2	C
2	2	D
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	ILE	ILE	A	A	3 - 163	23 - 183
2	1	1	THR	THR	ILE	ILE	B	B	3 - 163	23 - 183
3	2	1	GLY	GLY	HIS	HIS	A	A	178 - 277	198 - 297
4	2	1	GLY	GLY	HIS	HIS	B	B	178 - 277	198 - 297
1	1	2	THR	THR	PHE	PHE	C	C	3 - 157	23 - 177
2	1	2	THR	THR	PHE	PHE	D	D	3 - 157	23 - 177
3	2	2	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	180 - 277	200 - 297
4	2	2	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	180 - 277	200 - 297

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Probable serine/threonine-protein kinase pknB / PKNB SER/THR KINASE 分子量: 32458.506 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / 遺伝子: pknB / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A5S4, UniProt: P9WI81*PLUS, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物	ChemComp-MIX / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)-9,10-ANTHRACENEDIONE / MITOXANTRONE / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)ANTHRA-9,10-QUINONE 分子量: 444.481 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₄O₆

#1: タンパク質

Probable serine/threonine-protein kinase pknB / PKNB SER/THR KINASE

分子量: 32458.506 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / 遺伝子: pknB / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A5S4, UniProt: P9WI81*PLUS, EC: 2.7.1.37

#2: 化合物

ChemComp-MIX / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)-9,10-ANTHRACENEDIONE / MITOXANTRONE / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)ANTHRA-9,10-QUINONE

分子量: 444.481 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₄O₆

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.2M NaAcetate 50mM NaCacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月10日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.89→69.84 Å / Num. all: 28195 / Num. obs: 28195 / % possible obs: 63.47 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.89→3.21 Å / % possible all: 16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O6Y

1o6y

解像度: 2.89→69.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 53.161 / SU ML: 0.412 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE DATA IS HIGHLY ANISOTROPIC (2.89 A RESOLUTION LIMIT ALONG THE c* AXIS, BUT ONLY 3.5 A ALONG THE a* AND b* AXES), ACCOUNTING FOR THE POOR DATA COMPLETENESS AT THE HIGHER RESOLUTION SHELLS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27798	1426	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21784	-	-	-
obs	0.22097	26685	68.13 %	-
all	-	26685	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.784 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.89→69.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7870	0	128	0	7998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8171
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.737	1.98	11143
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.212	5	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.069	23.579	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.322	15	1223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.695	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	4512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.325	0.2	5666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.244	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.319	1.5	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.566	2	8336
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.14	3	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.074	4.5	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1028	tight positional	0.09	0.05
2	C	1000	tight positional	0.07	0.05
1	A	925	medium positional	0.68	0.5
2	C	898	medium positional	0.63	0.5
1	A	1028	tight thermal	0.1	0.5
2	C	1000	tight thermal	0.08	0.5
1	A	925	medium thermal	0.62	2
2	C	898	medium thermal	0.5	2

LS精密化シェル

解像度: 2.891→2.966 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.528	17	-
R_work	0.341	217	-
obs	-	-	7.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4687	-1.6504	0.1288	6.2814	-1.4013	8.5972	-0.0472	0.0765	-0.2787	0.5686	0.1803	-0.6401	0.1763	1.1117	-0.133	0.1344	0.1484	0.0184	0.1291	-0.0342	-0.4018	67.0125	-6.545	-29.4674
2	5.8702	0.9899	-0.7276	4.2298	0.3096	9.268	0.465	-0.226	0.4728	-0.0149	-0.3419	0.4071	-0.4227	-1.0215	-0.1232	-0.0275	0.1858	0.0849	0.0082	0.0606	-0.2955	44.7911	4.5138	-19.3964
3	3.4415	-0.6644	-2.518	8.7188	1.8398	8.9766	0.0886	0.3725	-0.3847	-0.3879	0.2819	-0.6441	0.3904	1.0653	-0.3704	0.133	0.2421	-0.0633	0.171	0.0686	-0.405	64.8508	-9.9255	-50.3222
4	2.5792	0.8157	0.5078	7.0844	-0.9319	9.0768	-0.021	-0.1885	0.2804	-0.0756	0.3042	0.4925	-1.4792	-0.4772	-0.2832	0.2017	0.3196	0.0557	-0.0042	0.1167	-0.279	50.8413	10.5132	-61.176
5	13.0911	-2.7748	1.9719	5.6346	-1.5368	8.1272	-0.2334	-1.2927	0.4817	0.9614	0.227	0.1945	-0.9569	-0.0804	0.0064	0.5581	0.2031	0.0817	-0.2236	0.0867	0.1414	82.2391	-52.4819	-16.0674
6	3.2682	-2.9604	-0.725	8.4385	-0.9037	3.8236	0.3024	0.395	-0.313	-0.5721	-0.4089	0.3902	-0.1276	-0.3518	0.1065	0.4184	0.2856	-0.0971	0.034	0.027	0.057	67.1133	-39.6418	-35.1497
7	5.833	-1.2247	-0.7978	8.254	3.0378	10.7647	-0.2015	-1.2362	-1.6227	0.7915	0.1289	0.6833	1.356	0.042	0.0726	0.4906	0.0382	0.1094	0.1293	0.2388	0.723	78.8837	-73.543	-17.9286
8	3.5649	0.4624	-2.2931	4.9495	1.2909	7.3434	-0.1703	0.6221	-0.4317	-0.8218	-0.0993	0.876	0.162	-0.7398	0.2695	0.7465	0.0775	-0.3271	-0.003	-0.0892	0.4742	78.5643	-79.9137	-44.4222

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 96	23 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	97 - 277	117 - 297
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	3 - 96	23 - 116
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	97 - 278	117 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	3 - 96	23 - 116
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	97 - 278	117 - 298
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	3 - 96	23 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	97 - 277	117 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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